如何使用networkx导出网络和graphml中的属性？

Question

1. 嗨，我对网络很陌生，我一直在尝试编程一个代码，获取文件夹的所有.edges和.nodes文件并生成一个graphml文件，这样我就可以在另一个软件中看到它了。但是我还需要在节点中添加一些颜色，但是当我尝试时，我得到了：keyror29
2. 我在节点数组中运行一个循环来添加每个节点的颜色。在

3. 下面是我尝试添加color属性的代码部分。因此，节点将用4种不同的颜色着色：最佳适应度、最差适应度、前10%最佳适合度和10%较差。在

   for i in range(len(nodes)):
      if nodes[i]==top:
      NetGraph.node[i]['color']='r'
   

4. 希望你能帮助我！干杯

Answer 1

如果您试图将存储在多个不同的.nodes' and.edges文件中的关系数据“合并”到一个图中，那么当从磁盘读取文件时，可能会遇到尚未添加到该图中的节点。在

总的来说，我认为需要更多的信息来为这个问题提供更有意义的答案。例如：.node和.edge文件的格式是什么？top变量中有什么？（这是一个列表还是一个代表阈值的单个数字变量？）。在

然而，根据本问题目前所提到的情况，这里有几点建议：

1. 试着先构建图形，然后再给它着色。如果您已经有了适合度数据，这可能显得不够充分，但这将是最简单的方法让您得到一个工作的代码。

2. 确保您的节点id确实是整数。也就是说，在图中，每个节点都是通过其索引值已知的。例如2、3、5等，而不是“Paris”、“London”、“Berlin”等（即字符串节点ID）。如果是后者，那么for的格式最好是：for aNode in G.nodes(data = True):。这将返回一个包含每个节点ID的迭代器和一个包含所有现有节点数据的字典。

3. 如果top是单个变量，那么将节点的ID与top阈值进行比较是没有意义的。这就像说如果22（节点ID）等于89（这是效率的某种表达式），那么将红色应用于节点。如果top是一个包含所有被认为是top节点的节点的列表，那么条件表达式应该是：if nodes[i] in top:。在

   1. 您似乎跳过了if（？）下面的缩进。如果条件是True，那么为节点分配颜色的语句需要在右边再缩进一组4个空格。

   2. 指定颜色的表达式是正确的。

   3. 请注意，Networkx将尝试将遇到的每个节点和边属性写入到适当的格式。有关这方面的更多信息，请参阅对这个问题的答复。因此，一旦您对给定图（G）的结构感到满意，那么您可以简单地调用networkx.write_graphml(G, 'mygraph.gml')将其保存到磁盘（其中networkx是模块的名称）。networkx.write_*函数将把图形（G）的完整版本导出为多种不同格式，或者在数据类型无法正确序列化时引发异常。

我希望这有帮助。如果稍后提供更多详细信息，很高兴回复。在