Python中文
首页
教程
问答
标签
搜索
登录
注册
R包Bio3D教程复制
回答此问题可获得
20
贡献值,回答如果被采纳可获得
50
分。
<p>我开始使用名为Bio3D的R软件包 (<a href="http://thegrantlab.org/bio3d/index.php" rel="nofollow">http://thegrantlab.org/bio3d/index.php</a>) 在复制“使用Bio3D的蛋白质结构网络”教程中的示例时遇到了一个问题 (<a href="http://thegrantlab.org/bio3d/tutorials/protein-structure-networks" rel="nofollow">http://thegrantlab.org/bio3d/tutorials/protein-structure-networks</a>)。 下面是我要做的片段:</p> <p>““ 下面的代码段首先为示例HIVpr起始结构(pdbfile)和轨迹数据(dcdfile)设置文件路径,然后读取这些文件(生成对象dcd和pdb)。在</p> <pre><code>dcdfile <- system.file("examples/hivp.dcd", package = "bio3d") pdbfile <- system.file("examples/hivp.pdb", package = "bio3d") # Read MD data dcd <- read.dcd(dcdfile) pdb <- read.pdb(pdbfile) inds <- atom.select(pdb, resno = c(24:27, 85:90), elety = "CA") trj <- fit.xyz(fixed = pdb$xyz, mobile = dcd, fixed.inds = inds$xyz, mobile.inds = inds$xyz) </code></pre> <p>一旦我们有了叠加的轨迹框架,我们就可以评估单个残留物的原子涨落(在这个非常简短的示例模拟中)相互关联的程度,并根据这些数据构建一个网络:</p> ^{pr2}$ <p>““</p> <p>直到现在一切都很顺利。在</p> <pre><code># View the correlations in pymol view.dccm(cij, pdb, launch = FALSE) </code></pre> <p>这里我打开生成的pdb文件校正输入和皮莫尔在一起。 但我看到的不是漂亮的三维卡通模型,而是由点表示的氨基酸残基。 尝试用pymol来解决这个问题,使用卡通、色带、颜色、透明度和命令显示设置,但它什么也没改变。 非常感谢您的建议!在</p> <p>我没有足够的声誉来说明预期和获得的结果与图像,但可能我可以直接发送他们,如果必要的话。在</p> <p>谢谢你!在</p>
0 条评论
分类:
Python问答
请先
登录
后评论
默认排序
时间排序
1 个回答
匿名
1天前
擅长:python、mysql、java
<p>尝试在调用中设置launch=TRUE视图.dccm()函数为您同时加载PDB和pymol脚本。在</p>
请先
登录
后评论
针对此问题:
更多的回答
关注
89
关注
收藏
1
收藏,
216
浏览
网友 提问于 2天前
相关Python问题
我想从用户inpu创建一个类的实例
2 回答
我想从用户导入值,为此
8 回答
我想从用户那里得到一个整数输入,然后让for循环遍历该数字,然后调用一个函数多次
7 回答
我想从用户那里收到一个列表,并在其中执行一些步骤,然后在步骤完成后将其打印回来,但它没有按照我想要的方式工作
1 回答
我想从用户那里获取输入,并将值传递给(average=dict[x]/6),然后在那里获取resu
5 回答
我想从第一个列表中展示第一个词,然后从第二个列表中展示十个词,以此类推- Python
10 回答
我想从第一个空lin开始解析文本文件
9 回答
我想从简历、简历中提取特定部分
9 回答
我想从给定字典(python)的字符串中删除\u00a9、\u201d和类似的字符。
2 回答
我想从给定的网站Lin下载许多文件扩展名相同的Wget或Python文件
10 回答
我想从网上搜集一些关于抵押贷款的数据
5 回答
我想从网站上删除电子邮件地址
6 回答
我想从网站上读取数据该网站包含可下载的文件,然后我想用python脚本把它发送给oracle如何?
8 回答
我想从网站中提取数据,然后将其显示在我的网页上
4 回答
我想从网页上提取统计数据。
5 回答
我想从网页上解析首都城市,并在用户输入国家时在终端上打印它们
8 回答
我想从色彩图中删除前n个颜色,而不丢失原始颜色数
3 回答
我想从课堂上打印字典里的键
3 回答
我想从费用表中获取学生上次支付的费用,其中学生id=id
8 回答
我想从较低的顺序对多重列表进行排序,但我无法在一行中生成结果
2 回答