R包Bio3D教程复制

Question

我开始使用名为Bio3D的R软件包 （http://thegrantlab.org/bio3d/index.php） 在复制“使用Bio3D的蛋白质结构网络”教程中的示例时遇到了一个问题 （http://thegrantlab.org/bio3d/tutorials/protein-structure-networks）。 下面是我要做的片段：

““ 下面的代码段首先为示例HIVpr起始结构（pdbfile）和轨迹数据（dcdfile）设置文件路径，然后读取这些文件（生成对象dcd和pdb）。在

dcdfile <- system.file("examples/hivp.dcd", package = "bio3d")    
pdbfile <- system.file("examples/hivp.pdb", package = "bio3d")   

# Read MD data    
dcd <- read.dcd(dcdfile)   
pdb <- read.pdb(pdbfile)   

inds <- atom.select(pdb, resno = c(24:27, 85:90), elety = "CA")    
trj <- fit.xyz(fixed = pdb$xyz, mobile = dcd,    
               fixed.inds = inds$xyz, mobile.inds = inds$xyz)    

一旦我们有了叠加的轨迹框架，我们就可以评估单个残留物的原子涨落（在这个非常简短的示例模拟中）相互关联的程度，并根据这些数据构建一个网络：

^{pr2}$

““

直到现在一切都很顺利。在

# View the correlations in pymol    
view.dccm(cij, pdb, launch = FALSE)     

这里我打开生成的pdb文件校正输入和皮莫尔在一起。 但我看到的不是漂亮的三维卡通模型，而是由点表示的氨基酸残基。 尝试用pymol来解决这个问题，使用卡通、色带、颜色、透明度和命令显示设置，但它什么也没改变。 非常感谢您的建议！在

我没有足够的声誉来说明预期和获得的结果与图像，但可能我可以直接发送他们，如果必要的话。在

谢谢你！在

Answer 1

通常，如果pymol在可执行文件的路径中，这将起作用（请参阅此处：http://tinyurl.com/lzhpz3w了解有关bio3d希望在何处找到pymol和肌肉的更多信息）。在

view.dccm(cij, pdb, launch = FALSE) 

我自己不使用windows，但是如果你把这个问题发布在bio3d bitbucket问题页面https://bitbucket.org/Grantlab/bio3d/issues上，你会得到经验丰富的windows bio3d用户的帮助，包括这个函数的作者。在

Answer 2

尝试在调用中设置launch=TRUE视图.dccm（）函数为您同时加载PDB和pymol脚本。在