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使用python子进程将文件从.sam转换为.bam
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<p>首先,我想说,任何帮助都是非常感谢的。一般来说,我对Python和脚本还不熟悉。我尝试使用一个名为samtools view的程序将文件从.sam转换为.bam我需要能够执行以下BASH命令在Python中执行的操作:</p> <pre><code>samtools view -bS aln.sam > aln.bam </code></pre> <p>我知道像|>;<;这样的BASH命令是使用Python中的子进程stdin、stdout和stderr完成的。我尝试了几种不同的方法,但仍然无法正确转换BASH脚本。我试过:</p> ^{pr2}$ <p>以及</p> <pre><code>from subprocess import Popen with open(SAMPLE+ "."+ TARGET+ ".sam",'wb',0) as input_file: with open(SAMPLE+ "."+ TARGET+ ".bam",'wb',0) as output_file: cmd = Popen([Dir+ "samtools-1.1/samtools view",'-bS'], stdin=(input_file), stdout=(output_file), shell=True) </code></pre> <p>在Python中,我仍然不能让samtools将.sam转换为.bam文件。我做错什么了?在</p>
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1 个回答
匿名
1天前
擅长:python、mysql、java
<p>您可以通过kwarg'shell=True'将执行传递给shell</p> <p><code>subprocess.call('samtools view -bS aln.sam > aln.bam', shell=True)</code></p>
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