Python错误；无法找到带OS的文件。

Question

在运行python脚本的当前工作目录中，我有多个子目录，它们都包含文件'基因.faa.genespercontig.csv'。我想为这些文件创建一个pandas数据帧。在

运行脚本时，出现错误：

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'C:\\Users\\KLIF\\Documents\\Linda\\genes.faa.genespercontig.csv\\r'

我的脚本如下：

^{pr2}$

我确信这个文件在de子目录中，但是为什么python找不到它呢？在

Answer 1

除非“r”是一个名为基因.faa.genespercontig.csv“，简单语法错误。括号需要稍作调整：

...
with open(os.path.join(root, 'genes.faa.genespercontig.csv'), 'r') as f1:
...

另外，假设文件包含在子目录中，则可能需要在os.walk函数返回的dirs变量内的子目录中循环。我注意到，您使用字符串'f1'传递给pd.read_csv，但您可能想要open file对象。比如：

^{pr2}$

要只尝试打开实际存在的文件，请使用：

...
filepath = os.path.join(root,subdir,'genes.faa.genespercontig.csv')
if os.path.isfile(filepath):
    with open(filepath, 'r') as f1:
...