神经元和Python装置

Question

早上好

我已经安装了Neuron7.4，它运行得很好（我运行了几个神经元模型的模拟），我想用它作为python的解释器。在

当我输入（'$nrngui-nopython'）时，NEURON启动。 但是，当我键入（'$nrngui'）时，我得到了以下错误：

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NEURON -- Release 7.4 (1370:16a7055d4a86) 2015-11-09
Duke, Yale, and the BlueBrain Project -- Copyright 1984-2015
See http://www.neuron.yale.edu/neuron/credits

ImportError: No module named site
Py_Initialize exited. PYTHONHOME probably needs to be set correctly.
Our automatic guess based on the Python shared library location:
    export PYTHONHOME=/usr/lib
did not work.
It will help to examine the output of:
nrnpyenv.sh
and set the indicated environment variables, or avoid python by adding
nopython: on
to /usr/local/nrn/share/nrn/lib/nrn.defaults (or .nrn.defaults in your $HOME directory)

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我在DebianJessie8.10（x86-64）下运行，内核是3.16.0-5-amd64。我不太喜欢debian/linux/jessie环境，因为我很习惯在Windows下运行。在

我的最终目标是安装LFPy和LFPsim。在

如果你能帮我，那就太好了！在

谢谢你

Answer 1

你问这个问题已经一年多了。对不起，我以前没看到。你可能让神经元工作了。我下面介绍了在Linux操作系统上安装神经元模拟器的方法。它与python一起工作没有任何问题。在

首先，这适用于我们实验室使用的neuron 7.5版本，但请注意，neuron的开发人员有时在不更改编号的情况下更新代码（因此称之为小版本）。以下配方适用于

$nrniv
NEURON   VERSION 7.5 master (6b4c19f)

它是我一年前创建的，但以后用不同的哈希值进行修改可能行不通。在

在实际安装之前，请在/usr/local中创建一个特定于计算机的目录，并将/usr/local中的所有目录链接到特定于计算机的目录中：

^{pr2}$

如果没有/usr/local/liv64目录，请将其从for循环中删除，并在/usr/local/lib目录上创建一个链接：ln -s ../lib lib64

如果要并行运行neuron，请安装MPI库。我通常使用openmpi。 Neuron还需要ncurses和readline的额外开发包，以及GUI的X11库，因此所有这些看起来都是这样的：

sudo apt install -y \
     libreadline-dev ncurses-dev\ #needed for neuron in general
     libx11-dev libx11-data libice-dev libxcomposite-dev\ # needed for GUI
     openmpi-bin openmpi-common libopenmpi-dev # needed for parallelization

现在你可以安装neuron和iv库，如果你想有gui。在

最后，由于一些未知的原因，neuron的安装程序将python模块放入/usr/local/lib/python目录中，除了neuron之外，其他人都不知道这个目录。为了使它对“常规”python可用，我将这个目录中的所有内容复制到site-packages目录中，然后为nrniv-python命令创建一个链接。总的来说是这样的：

$cd /usr/local/lib/python && cp -a * /usr/lib/python2.7/site-packages
$cd /usr/local/lib/ && rm -fR python && ln -s /usr/lib/python2.7/site-packages python

我希望它能帮助人们避免安装神经元的问题。请加点盐使用，因为配方是一些“实验”和反复试验的结果。用最简单的步骤顺序可能会有更好的解决方案。我只是没找到他们。在