我正在尝试制作一个简单的脚本来逐个(一个接一个)运行不同的任务,但我不知道如何用python脚本运行程序!我知道应该很简单!但我在哪儿都找不到。我的例子是:
samtools merge filename.bam file1.sorted.bam file2.sorted.bam file3.sorted.bam file4.sorted.bam
samtools index filename.bam
samtools idxstats filename.bam > filename.txt
samtools pileup -vcf path/filename.fa filename_sorted.bam
我希望python运行第一个命令,在它完成之后,再转到下一个命令!重要的是要等到它完成!在
使用subprocess module。页面底部有很多例子。在
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