Networkx parse gml写入不可用的gml文件

Question

我一直试图在networkx gml中解析一些附加属性，以便以后使用，但遇到了一个问题。在

当从Cytoscape获得gml文件时，networkx输出它自己无法读取的gml文件。在

即Cytoscape->；Into networkx->；Output->；Into networkx->；错误：

pyparsing.ParseException: Expected "]" (at char 1116756), (line:71732, col:3)

现在，错误请求在节点后面再加一个]的值（也就是说让图形忽略边），如果这样做，图形就会工作。但是，它不再有任何边。在

为了充分测试这一点，我做了“Cytoscape->；Into networkx->Output”，根本不更改代码，只需：

^{pr2}$

然后读到：

BasicGraph = nx.read_gml("KeggCompleteEng.gml", relabel = True)

误差仍然是可重复的。所以我假设这与networkx如何编写gml文件有关。在

我使用的两个文件是：

• Original from Cytoscape
• Networkx output

如果有人能对为什么会发生这样的事情有一些了解，我们将不胜感激！在

Answer 1

这是NetworkX中生成嵌套属性（本例中为边缘图形数据）时的一个错误。 额外的一组引号错误地添加到“Line”属性中。在

修复程序已合并为此请求的一部分： https://github.com/networkx/networkx/pull/981

Answer 2

Pyparsing并不是识别何时发生解析错误的最聪明的库。库的较新版本确实支持一些更好的错误识别，但是它们需要对解析器进行一些更新以获取这些信息。在

在没有看到解析器的情况下，从您的描述来看，解析器似乎希望看到如下内容：

[
  [
  bunch of nodes...
  ]
  [
  optional bunch of edges...
  ]
]

结果是它成功地通过了“节点束…”，然后在“可选边束…”部分的一个边中发现了一些语法问题。因为这是可选的，所以只要在节点后面有一个结束的']'，事情仍然有效。这就是为什么会得到pyparsing异常消息。但真正的问题是其中一个边缘有一个错误。在

要诊断这个问题，请尝试只给解析器前几个边。然后继续添加越来越多的边，直到您得到pyparsing错误-最近添加的边包含了严重的语法错误。在