索引器错误：列表索引超出范围，不确定原因

Question

我想让程序做的是获取与某个条形码相关的序列，并执行定义的功能（序列的平均长度和标准偏差，减去条形码和非相关txt，由同一个条形码标识）。我写了一些类似的东西，并基于类似的程序，但我一直得到一个索引错误。我们的想法是，第一个条码的所有序列都将被处理为barcodeconter=0，第二个条形码的序列将被处理为barcodeconter=1，等等。希望这是足够的信息，抱歉，如果它是混乱的。在

输入：

import sys
import math

def avsterr(x):
        ave = sum(x)/len(x)
        ssq = 0.0
        for y in x:
                ssq += (y-ave)*(y-ave)
        var = ssq / (len(x)-1)
        sdev = math.sqrt(var)
        stderr = sdev / math.sqrt(len(x))

        return (ave,stderr)

barcode = sys.argv[1]
sequence = sys.argv[2]
lengths = []
toprocess = []
b = open(barcode,"r")
barcodeCounter = 0
for barcode in b:
        barcodeCounter = barcodeCounter + 1
        barcode = barcode.strip()
        print "barcode: %s" %  barcode
        handle = open(sequence, "r")
        for line in handle:
                print line
                seq = line.split(' ',1)[-1].strip()
                print "seq: %s" % seq
                potential_barcode = seq[0:len(barcode)]
                print "something"
                if potential_barcode == barcode:
                        print "Checking sequences"
                        outseq = seq.replace(potential_barcode, "", 1)
                        outseq_length = [len(outseq)]
#                       toprocess.append("")
#                       toprocess[barcodeCounter] += outseq.strip
                        toprocess[barcodeCounter].extend(outseq.strip)   #IndexError/line40
#                       toprocess[barcodeCounter] = toprocess[barcodeCounter] + outseq.strip
                        print "outseq: %s" % outseq
                        print "Barcodes to be processed: %s" % toprocess[barcodeCounter]
                        print "BC: %i" % barcodeCounter
        handle.close()
b.close()
one = len(toprocess[0])
#two = lengths[2]
#three = lengths[3]
print one
#(av,st) = avsterr(lengths)
#print "%f +/- %f" % (av,st)

输出：

^{pr2}$

这就是我所依据的准则。在

sequenceCounter = -1
for line in handle:
        if line[0] == ">":
                sequenceCounter = sequenceCounter + 1
#               print "seqid %s\n" % line
                seqidList.append(line)
                seqList.append("")
        if line[0] != ">":
                seqList[sequenceCounter] = seqList[sequenceCounter] + line.strip()

编辑： 添加了枚举函数并注释掉了barcodeCounter的内容。在

barcode = sys.argv[1]
sequence = sys.argv[2]
lengths = []
toprocess = []
b = open(barcode,"r")
#barcodeCounter = -1
for barcodeCounter, barcode in enumerate(b):
#       barcodeCounter = barcodeCounter + 1
        barcode = barcode.strip()
        print "barcode: %s" %  barcode
        handle = open(sequence, "r")
        for line in handle:
                print line
                seq = line.split(' ',1)[-1].strip()
                print "seq: %s" % seq
                potential_barcode = seq[0:len(barcode)]
                print "something"
                if potential_barcode == barcode:
                        print "Checking sequences"
                        outseq = seq.replace(potential_barcode, "", 1)
                        outseq_length = [len(outseq)]
                        toprocess.append("")
#                       toprocess[barcodeCounter] += outseq.strip
                        toprocess[barcodeCounter].append(outseq.strip) #AttributeError line 40
#                       toprocess[barcodeCounter] = toprocess[barcodeCounter] + outseq.strip
                        print "outseq: %s" % outseq
                        print "Barcodes to be processed: %s" % toprocess[barcodeCounter]
                        print "BC: %i" % barcodeCounter
        handle.close()
b.close()

新错误：

barcode: ATTAG
S01 ATTAGAAAAAAA

seq: ATTAGAAAAAAA
something
Checking sequences
Traceback (most recent call last):
  File "./FinalProject.py", line 40, in <module>
    toprocess[barcodeCounter].append(outseq.strip)
AttributeError: 'str' object has no attribute 'append'

无问题代码：

barcode = sys.argv[1]
sequence = sys.argv[2]
lengths = []
toprocess = []
b = open(barcode,"r")
#barcodeCounter = -1
for barcodeCounter, barcode in enumerate(b):
#       barcodeCounter = barcodeCounter + 1
        barcode = barcode.strip()
        print "barcode: \n%s\n" %  barcode
        handle = open(sequence, "r")
        for line in handle:
                print line
                seq = line.split(' ',1)[-1].strip()
                print "seq: %s" % seq
                potential_barcode = seq[0:len(barcode)]
#               print "something"
                if potential_barcode == barcode:
                        print "Checking sequences"
                        outseq = seq.replace(potential_barcode, "", 1)
                        outseq_length = [len(outseq)]
                        toprocess.append("")
                        toprocess[barcodeCounter] = toprocess[barcodeCounter] + outseq

@不是你帮了忙，谢谢。我不是最聪明的编程有时（大多数时候）。我还必须改变添加新序列的方式，因为它们是str而不是{}。在

Answer 1

代码

listVariable[indexNumber]

专门用于访问列表变量中已存在的内容。您给它的数字告诉Python您要查找的是列表的哪个部分。值得注意的是，列表从0开始计数，而不是从1开始。所以下面的代码：

^{pr2}$

会导致打印

a #index 0
d #index 3
b #index 1
d #index -1

（负索引实际上从末尾开始计数，因此-1表示d，而-2表示c）

索引器错误是当您给出一个列表中没有存储的数字时发生的情况。如果我试图调用list[4]，我会得到一个索引错误，因为它不存在，就像我试图调用一个不存在的变量一样。在

与字典不同，不能通过提供不存在的索引来设置列表值。您需要使用append或extend之类的方法，但不能像您那样在给定索引然后调用extend函数时那样使用。严格说来

list[3].append("e")

告诉Python获取存储在列表[3]中的值并在其上附加一个“e”，而不是添加到整个列表本身。在

list.append("e")

这实际上会把e添加到我的列表中。在

Answer 2

你实际上有两个问题。在

---

首先，从1开始计数，而不是从0开始。从0开始barcodeCounter，然后在使用它之前递增它。这意味着，如果你有3个条形码，你试图设置toprocess[1]，然后toprocess[2]，然后{}，最后一个将是IndexError。在

请注意，您基于它的代码以sequenceCounter = -1开头，而不是{}，以避免这个问题。在

不过，还有一个更简单的解决方案：使用enumerate为您计算：

for barcodeCounter, barcode in enumerate(b):

不需要记住是从-1，0，还是1开始，或者在哪里进行递增，或者任何其他的；它只会自动得到0，1，2等，直到len(b)-1。在

---

第二，即使计算正确，toprocess的大小与b不一样。实际上，它是完全空的，所以toprocess[anything]总是引发异常。在

要将新值附加到list的末尾，请调用append方法：

^{pr2}$

同样，请注意，您所基于的代码总是在执行seqList[sequenceCounter] =之前执行seqList.append("")。（请注意，这有点棘手，有时它append和sequenceCounter递增，有时两者都没有，并使用前面的值sequenceCounter分配给seqList[sequenceCounter]。）您必须执行相同的操作。在