Anaconda，Python包通过pip安装不起作用，Linux

Question

我在使用pip安装包时遇到问题。当从我的环境中通过conda安装包时，它工作得很好，但是当尝试通过pip安装时，我继续收到ImportError：没有名为X的模块

我尝试安装的包是一组不属于conda发行版的包。在

示例

[sjamal@login1(franklin) src]$ source activate Py343

(Py343) [sjamal@login1(franklin) src]$ pip install pyvcf

Collecting pyvcf
Requirement already satisfied: setuptools in /users/sjamal/anaconda3/envs/Py343/lib/python3.4/site-packages/setuptools-27.2.0-py3.4.egg (from pyvcf)
Installing collected packages: pyvcf
Successfully installed pyvcf-0.6.8

(Py343) [sjamal@login1(franklin) src]$ python

Python 3.4.3 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Oct 19 2015, 21:52:17) 
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

>>> import vcf
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named 'vcf'

在~/.bashrc中，我添加了以下路径/users/sjamal/anaconda3/bin，这显然允许我访问anaconda、conda等

我最初以为我的问题和下面提出的问题一样。但不是我理解错了答案，就是问题不一样。在

Does anaconda create a separate PYTHONPATH variable for each new environment?

我很确定这是一个路径问题，但我不了解如何通过pip和conda将包安装到各自的环境中，这可能是我似乎无法解决它的原因。在

附加信息：

我在一个集群上的登录节点上，在那里我不能执行任何根命令。我确信不需要根访问，但我认为应该提一下。我的linux发行版是CentOS 6.6版（最终版）。在

谢谢你看！在

Answer 1

我设法弄明白了。在我的系统上搜索了一下之后。我发现pip和conda把软件包安装到两个不同的位置。就我而言。。在

conda - Installed to my current anaconda environment just as expected
pip - /users/sjamal/gridware/share/python/2.7.8/lib/python3.6/site-packages/

我相信pip安装到不同位置的原因是我们在HPC上预先设计了基础设施，因此在下面添加了以下前缀。在

^{pr2}$

为了使用我的软件包有三种方法。其中两个我可以做。但最后一个我还没能搞清楚，因为它需要我更改pip的默认位置来安装包。我试着用

pip install -t <dir> 

尽管它总是抛出错误，并且不允许我选择安装文件夹的目标。在

另外两种选择是：

1. Install the packages using pip install <package> and then move the      packages to the original destination. 

2. Add the path to the environment where I want to have the packages installed to the local PATH variable in ~/.bashrc. However, this beats the fact of working in different environments as the package will be accessible from different environments.

如果有人知道如何重定向pip的默认安装目的地，如果你能与我分享，我将不胜感激。在此之前，我将继续寻找更好的替代方案。在

最后感谢@amrit的回复！在

干杯！在

Answer 2

先试试这个。。在

$Python3

 >>> import sys

 >>> sys.path.append('/all/path/to/C/Python')

 >>> import vcf

如果不工作的话。。。在

安装Python3.6.2和。。。 写

^{pr2}$

而不是

import pyvcf