将numpy数组转换为imag

Question

我有一个表示jpg的numpy数组，而不是文件。因此我必须直接处理数组。我想把这些数据保存到一个文件中，这样我就可以用一个普通的jpg查看器来观看它。通常我可以用

pl = pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone)

但由于图像信息是用jpg2000编码的，因此该方法失败了。因此，我尝试了pgmagick：

^{pr2}$

但不幸的是，这也失败了，错误是numpy数组不能转换成pgmagick映像。有没有另一种方法可以将jpg2000编码的信息转换成可复制的信息？在

更新：
运行以下线路

jpg_bytes = ds.pixel_array.astype('uint8').tostring()

导致以下错误：

Data type not understood by NumPy: format='uint12', PixelRepresentation=0, BitsAllocated=12

编辑：完整功能：

def convert(self, inputpic, outputpic = "", force = False):
        if not inputpic or not os.path.isfile(inputpic):
            logging.critical("No valid input filename entered, or input file not found. Input filename was " + inputpic)
            return INT_ERROR
        else:
            input_clean = self.cleanEnding(inputpic)
            if not outputpic:
                outputpic = input_clean + ".jpg"
            print "Output pic is " + outputpic
            if os.path.isfile(outputpic + ".jpg") and force is False:
                logging.critical("Output file is already there, don't want to overwrite it! Output filename was " + outputpic)
            else:
                if outputpic[:-4] is not ".jpg":
                    outputpic = outputpic + ".jpg"
                try:
                    ds = dicom.read_file(inputpic, force=True)
                except InvalidDicomError:
                    logging.critical("File " + inputpic + " is not a dicom file!")
                    return INT_ERROR
                #try:
                #    pl = pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone)
                #except:
                try:
                    logging.info("Decoding starts now")
                    jpg_bytes = "".join(chr(x) for x in ds.pixel_array)
                    logging.info("Test I")
                    jpg_bytes = ds.pixel_array.astype('uint8').tostring()
                    logging.warning("Trying to decode it with pgmagick")
                    im = pgmagick.Image.open(io.BytesIO(jpg_bytes))
                    logging.info("Decoding successfull")
                    #logging.info("Info I")
                    #pl = pgmagick.Blob()
                    #tmp.write(pl, 'GRAY')
                except Exception as e:
                    logging.critical("Critical error happened during imshow() with file " + inputpic + " with the following error: " + str(e))
                    return INT_ERROR
                if not os.path.isfile("tmp.png"):
                    pylab.savefig("tmp.png")
                else:
                    logging.critical("tmp.png is already in this folder, maybe a failed cleanup? Stopping!")
                    return INT_ERROR
                im = Image.open("tmp.png")
                bg = Image.new("RGB", im.size, (255,255,255))
                bg.paste(im, (0,0), im)
                bg.save(outputpic[:-4], quality=95)
                os.remove("tmp.png")
        return INT_SUCCESS

以inputpic作为dicom文件。 日志文件中的错误出现在第一个日志记录.info（logging.info("Decoding starts now")），因此我假设错误是从第二行抛出的，在第三行不在日志文件中之后。在

Answer 1

假设pixel_array是一个表示JPEG编码图像的字节数组（如果是这样的话，前四个字节-幻数-将是FF D8 FF E0）。在

可以使用以下方法将numpy数组转换为字节字符串：

jpg_bytes = ds.pixel_array.astype('uint8').tostring()

您可以使用以下方法加载字节字符串：

^{pr2}$

编辑：我错过了“jpg2000”位，因此：

• pgmagick可以加载jpg2000文件，上面的代码可以正常工作。在
• jpg2000文件的神奇数量是0000 000C 6A50 2020 0D0A 870A。在