如何使用rpy2的生物导体？

Question

我正在尝试使用rpy2的bioconductor（特别是seqLogo）。我找到了有用的包裹：

http://pythonhosted.org/rpy2-bioconductor-extensions/index.html

但是，当我从软件包的文档中尝试此操作时：

import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects.packages import importr
base = importr('base')

# evaluate locally a remote R script
base.source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
base.require("biocLite")
bioclite = robjects.globalenv['biocLite']

我知道错误了

^{pr2}$

在我的系统上的R环境中，以下功能非常有效：

> require(seqLogo)

我想使用rpy2中已经安装的seqLogo包。如何做到这一点？因为我已经安装了rpy2，所以我可以：

>>> import bioc

但不知道如何安装新的生物导体包，比如来自bioc的seqLogo。在

如果我尝试：

importr("seqLogo")

我得到了一个错误：

rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘seqLogo’

谢谢。在

Answer 1

Bioconductor项目稍微改变了其包安装程序的内部结构。以下措施应该有效：

from rpy2.robjects.packages import importr

# do the following _only the first time_, to install the package seqLogo
base = importr('base')
base.source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocinstaller = importr("BiocInstaller")
biocinstaller.biocLite("seqLogo")

# load the installed package "seqLogo"
seqlogo = importr("seqLogo")

否则，rpy2的bioconductor扩展已经有很长一段时间没有更新了。可能还有其他事情需要解决。在