为什么pip安装biopython失败（但是其他包成功了）？

Question

我试图在一组开发人员共享的目录中安装python包。我们没有sudo许可。这适用于某些软件包（如seqmagick），但不适用于其他软件包（如biopython）。谁能告诉我那些失败的人有什么不同吗。有什么解决办法吗？在

$ pip --version
pip 1.5.4 from /usr/lib/python2.7/dist-packages (python 2.7)

我创造了一个设置.cfg像这样的文件在当前目录中

^{pr2}$

以下是有效的，一切都会在正确的地方结束：

$ pip install --no-deps seqmagick

但事实并非如此

$ pip install --no-deps biopython

失败是

running install_lib
creating /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/BioSQL
error: could not create '/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/BioSQL': Permission denied

或者皮普为什么setup.py？) 当设置.cfg计划指向其他地方？在

提前感谢您的任何见解。在

Answer 1

这可能是由于您有一个非常旧的pip版本，请先尝试以下操作：

pip install pip  upgrade

交叉引用https://github.com/biopython/biopython/pull/1307#issuecomment-340407171