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删除以开头的每行的最后一个字符@
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<p>我想从我的300多个文件中删除每行以@开头的最后一个字符,每个文件大约1gb。在</p> <p>我的示例文件如下:</p> <pre><code>@1_1101_1473_2134_1 CATGCGGGAGGAGGAGGACGAGGACCTGCTGCAGTTTGCCATCCAGCAGAGTCTCCTGGAGGTGGGGGCCGAGTACGACCAGGTAACACCCC + FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFBBFFFFF<FFFFFF/BFBF7FFBFFFFFFFFFFBFFFFFF @1_1101_1635_2243_1 CATGCACACCTCCCGGTCTCCGTTGTGGAGGATCAGGTCCACGATCTCCTGGGTCCACGTGGTGCCTACACACACACACACACACACACACA + FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF </code></pre> <p>我想从以@开头的行中删除最后一个字符1,所以我的输出应该是</p> ^{pr2}$ <p>我第一次尝试python,它适用于这些行,但是作为一个新手,我不知道如何在输出中保留所有的行。在</p> <pre><code>with open("file.fq") as f: for line in f: length=(len(line)-2) if line.startswith('@'): line=line[:length]+''+line[length+1:] print(line) </code></pre> <p>当然,这只给出了“线”,但我想证明它是有效的</p> <pre><code>@1_1101_1473_2134_ @1_1101_1635_2243_ </code></pre> <p>然后我试了awk和sed。我可以选择以@using awk开头的行,如下所示:</p> <pre><code>awk '{if (/^@/)}' </code></pre> <p>我可以用sed删除每行的最后一个字符:</p> <pre><code>sed {'s/.$//'} </code></pre> <p>所以我试着把这两者结合起来,简单地说:</p> <pre><code>awk '{if (/^@/)}' | sed {'s/.$//'} file.fq </code></pre> <p>这不起作用。在</p> <p>顺便说一句,如果可能的话,我更希望直接从我的文件中删除这些字符,而不是创建一个新的文件,删除这些字符,因为我有超过300gb的数据,当然,我更喜欢一种快速的方法。在</p> <p>任何帮助升级我的命令,或任何其他方式做这件事的任何其他方式都是高度赞赏的。另外,我希望在循环中对所有文件运行正确的命令,这就是为什么我第一次尝试生成一个python脚本,所以任何关于loop stage的帮助对于您的解决方案也是非常有用的。在</p> <p>非常感谢</p>
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匿名
1天前
擅长:python、mysql、java
<p>这应该是有效的:</p> <pre><code>sed 's/\(^@.*\)./\1/' <file> </code></pre>
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