删除以开头的每行的最后一个字符@

Question

我想从我的300多个文件中删除每行以@开头的最后一个字符，每个文件大约1gb。在

我的示例文件如下：

@1_1101_1473_2134_1
CATGCGGGAGGAGGAGGACGAGGACCTGCTGCAGTTTGCCATCCAGCAGAGTCTCCTGGAGGTGGGGGCCGAGTACGACCAGGTAACACCCC
+
FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFBBFFFFF<FFFFFF/BFBF7FFBFFFFFFFFFFBFFFFFF
@1_1101_1635_2243_1
CATGCACACCTCCCGGTCTCCGTTGTGGAGGATCAGGTCCACGATCTCCTGGGTCCACGTGGTGCCTACACACACACACACACACACACACA
+
FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF

我想从以@开头的行中删除最后一个字符1，所以我的输出应该是

^{pr2}$

我第一次尝试python，它适用于这些行，但是作为一个新手，我不知道如何在输出中保留所有的行。在

with open("file.fq") as f:
        for line in f:
                length=(len(line)-2)
                if line.startswith('@'):
                        line=line[:length]+''+line[length+1:]
                        print(line)

当然，这只给出了“线”，但我想证明它是有效的

@1_1101_1473_2134_

@1_1101_1635_2243_

然后我试了awk和sed。我可以选择以@using awk开头的行，如下所示：

awk '{if (/^@/)}'

我可以用sed删除每行的最后一个字符：

sed {'s/.$//'}

所以我试着把这两者结合起来，简单地说：

awk '{if (/^@/)}' | sed {'s/.$//'} file.fq

这不起作用。在

顺便说一句，如果可能的话，我更希望直接从我的文件中删除这些字符，而不是创建一个新的文件，删除这些字符，因为我有超过300gb的数据，当然，我更喜欢一种快速的方法。在

任何帮助升级我的命令，或任何其他方式做这件事的任何其他方式都是高度赞赏的。另外，我希望在循环中对所有文件运行正确的命令，这就是为什么我第一次尝试生成一个python脚本，所以任何关于loop stage的帮助对于您的解决方案也是非常有用的。在

非常感谢

Answer 1

这应该是有效的：

sed 's/\(^@.*\)./\1/' <file>

Answer 2

$ sed -i '/^@/ s/.$//' file.fq
$ cat file.fq
@1_1101_1473_2134_
CATGCGGGAGGAGGAGGACGAGGACCTGCTGCAGTTTGCCATCCAGCAGAGTCTCCTGGAGGTGGGGGCCGAGTACGACCAGGTAACACCCC
+
FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFBBFFFFF<FFFFFF/BFBF7FFBFFFFFFFFFFBFFFFFF
@1_1101_1635_2243_
CATGCACACCTCCCGGTCTCCGTTGTGGAGGATCAGGTCCACGATCTCCTGGGTCCACGTGGTGCCTACACACACACACACACACACACACA
+
FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF

• /^@/匹配以@开头的行
• s/.$//删除这些行的最后一个字符
• -i就地编辑，-i选项的用法因sed版本而异，语法请参阅文档

使用python

^{pr2}$

• 这将接受文件作为命令行参数，因此您可以执行类似./del_last.py *.fq
• 另请参见Python's slice notation

Answer 3

对于Python脚本，只需从条件套件中取出print语句：

with open("file.fq") as f:
    for line in f:
        if line.startswith('@'):
            line = line[:-2] + '\n'
        print(line, end = '')

---

如果你有足够的内存来保存一个完整的文件和一个副本，你可以使用一个正则表达式立即对整个文件进行更改。在

^{pr2}$