XML数据的图形化可视化

Question

我有一个如下所示的XML文件：

<rebase>
   <Organism>
     <Name>Aminomonas paucivorans</Name>
       <Enzyme>M1.Apa12260I</Enzyme>
         <Motif>GGAGNNNNNGGC</Motif>
       <Enzyme>M2.Apa12260I</Enzyme>
         <Motif>GGAGNNNNNGGC</Motif>
   </Organism>
   <Organism>
    <Name>Bacillus cellulosilyticus</Name>
       <Enzyme>M1.BceNI</Enzyme>
         <Motif>CCCNNNNNCTC</Motif>
       <Enzyme>M2.BceNI</Enzyme>
         <Motif>CCCNNNNNCTC</Motif>
   </Organism>
</rebase>

我想将这个XML数据可视化为图形格式。连通性是这样的，很多enzymes可以包含公共的motifs，但是{}不能有类似的{}。我看了看d3.js，但我不认为它有我想要的。我对neo4j提供的可视化效果非常兴奋，但我需要从头开始学习。不过，我还没有找到任何关于通过XML数据集导入或创建neo4j中的图形的好教程。我知道在编程的世界里，任何事情都是可能的，所以我想知道如何将数据导入neo4j数据库（最好使用python）来可视化数据。在

更新

我试着遵循这个answer（这个问题下的第二个答案）。我创建了他建议的2CSV文件。但是查询有很多语法错误，例如：

1. Invalid input 'S': expected 'n/N' (line 6, column 2) "USING PERIODIC COMMIT"
2. WITH is required between CREATE and LOAD CSV (line 6, column 1) "MATCH (o:Organism { name: csvLine.name}),(m:Motif { name: csvLine.motif})"

我的cypher查询技能非常有限，而且我无法让任何imports工作，因此我自己修复查询是非常困难的。任何帮助都将不胜感激

Answer 1

为此，我建议直接使用gephi。至少一年前，它完美地工作了，它支持直接导入xml/csv数据格式，而且不需要使用neo4j作为预处理器。在

编辑

哦，我明白了，我想连接已经包括在内了。在这种情况下，必须将xml中的所有数据创建为一个单独的节点—每个enzyme和{}以及每个{}（带有参数name）的新节点。那些enzymenadmotif节点必须是唯一的，即没有重复。当创建一个organism节点时，可以通过关系将organism与其enzyme和{}节点连接起来。完成后，查询/可视化相似的节点就没有问题了，因为公共节点至少共享enzyme/motif中的一个。在

我不知道将数据xml导入到neo4j的任何聪明方法，但是将其转换为两个csv文件应该没有问题。csv的格式应该是：

第一个文件：

name,enzyme
Aminomonas paucivorans,M1.Apa12260I
Aminomonas paucivorans,M2.Apa12260I
Bacillus cellulosilyticus,M1.BceNI
Bacillus cellulosilyticus,M2.BceNI

第二个文件（我不明白为什么motif是重复的思想）：

^{pr2}$

现在我们要做的是import，它创建了唯一的节点和关系（因此，上面的重复motifs只会转换成1个唯一的关系）（如果必要，也可以对同一个motif节点有多个关系）：

（我不确定是否使用此导入，但它应该可以工作）：

USING PERIODIC COMMIT
LOAD CSV WITH HEADERS FROM "file1.csv" AS csvLine
MATCH (o:Organism { name: csvLine.name}),(e:Enzyme { name: csvLine.enzyme})
CREATE (o)-[:has_enzyme]->(e) //or maybe CREATE UNIQUE?

USING PERIODIC COMMIT
LOAD CSV WITH HEADERS FROM "file2.csv" AS csvLine
MATCH (o:Organism { name: csvLine.name}),(m:Motif { name: csvLine.motif})
CREATE (o)-[:has_motif]->(m) //or maybe CREATE UNIQUE?

这将创建包含2个生物体节点、4个酶节点和2个motif节点的图。每个生物节点都应该与其酶和基序有关系。完成后，您可以前进到前面描述的可视化部分。在

Answer 2

还有一系列关于如何将XML导入Neo4j的文章

• http://supercompiler.wordpress.com/2014/07/22/navigating-xml-graph-using-cypher/
• http://supercompiler.wordpress.com/2014/04/06/visualizing-an-xml-as-a-graph-neo4j-101/

首先，您应该对数据的图形外观进行建模，您的用例需要哪些实体，以及哪些语义连接。在

一般来说，如果可以用python加载数据，可以使用py2neo或neo4jrestclient（参见http://neo4j.org/develop/python）将数据导入模型中。在