列表分配索引超出代码python的范围?我一直在找工作 IndexError: list assignment index out of range. 第78行的错误 编写此代码是为了在生物信息学中找到motif DNA 我们如何 ...2024-05-17 已阅读: n次
在find方法中如何使类表现为super我四处寻找答案,我怀疑我没有理解一些基本概念 我有一门课: class Motif(str): def __init__(self, s): str.__init__(self ...2024-05-17 已阅读: n次
从Python(Flask)传递到JavaScript的JSON显示在屏幕上我正在将一个JSON从Python后端传递到我的前端JavaScript中,在那里我运行一个webGL(three.js)动画。JSON保存决定动画中发生什么的数值。我的问题是,当我有一个基本的aja ...2024-05-17 已阅读: n次
如何在python中读取fasta文件?我试图读取一个FASTA文件,然后找到特定的motif(string),并打印出它发生的顺序和次数。一个FASTA file只是一系列以标题行开头的序列(字符串),而标题或新序列开头的签名是“> ...2024-05-17 已阅读: n次
如何在python字符串中的子字符串之间找到子字符串?让字符串为"AAAGQWERTYUIOPAGCTHJKLAAAGZXCVBNMAGCT"。我想找到AAAG和AGCT之间的字符串。你知道吗 我希望输出是["QWERTYUIOP","ZXCVBNM"] ...2024-05-17 已阅读: n次
在Python中用ASCII文件中的注释查找/替换子字符串我在一个生物信息学项目中遇到了一些编码问题。基本上,我的任务是从数据库中提取motif序列,并使用这些信息来注释序列对齐文件。对齐文件是纯文本,因此注释不会很复杂,最多只是将提取的序列替换为对齐文件本 ...2024-05-17 已阅读: n次
使用csv-python自动写入标题我正在尝试编写一个motif查找函数,它将氨基酸fasta作为输入,并在excel文件中输出motif 我想要的输出是这样的 SeqName M1 Hits M2 ...2024-05-17 已阅读: n次
从通过regex(Python)检索的起点选择字符串中的项所以,我的情况如下: 我有一个包含各种元素的字符串列表(50万,或多或少),比如ajiajajkajakakakakg或AOKANSDBSDFBJJ(举个例子)。你知道吗 我的目标是创建一个脚本,该脚 ...2024-05-17 已阅读: n次
Pandas dataframe:使用第二列作为切片索引来切片列值我正在尝试在熊猫数据框中创建一列微卫星母题。我有一个专栏给出了主题的长度,另一个专栏则是整个微卫星。在 下面是一个感兴趣的列的示例。在 motif_len sequence 0 ...2024-05-17 已阅读: n次
如何加快在两个列表中查找匹配值的速度?我试图从一系列可能的位置中找到基因组中重要的位置 我首先确定可能的基因组位点并将其存储在一个列表中,然后创建另一个包含重要位点的列表,并循环检查每个重要位点是否在可能位点列表中 生成重要位置和可能位置 ...2024-05-17 已阅读: n次
在Python文本文件中查找图章我有一个像这样的大文本文件: 示例: >chr9:128683-128744 GGATTTCTTCTTAGTTTGGATCCATTGCTGGTGAGCTAGTGGGATTTTTTGGGGGGTG ...2024-05-17 已阅读: n次
寻找sequen的主题我正在寻找脚本的可能算法,它将搜索我在str对象中定义的长DNA序列,寻找指定的基序(较短的DNA片段),计算每个发现(假设我的序列有几个相同的基序),并在检测到基序的序列中打印第一个核苷酸编号。 假 ...2024-05-17 已阅读: n次
extendedMD扩展motif发现算法 此存储库包含motif的扩展motif发现(emd)算法的python实现[1] 时间序列中的发现。 先决条件 dtaidistance==1.1.4 matplotlib&g ...2024-05-17 已阅读: n次
STEME STEME将生命作为逼近期望最大化算法的开始。 模因在模因等母题查找器中使用的模型类型STEM电磁近似 对于典型的 参数设置。Steme现在已经发展成为一个成熟的主题发现者 它自己的权利。 stem ...2024-05-17 已阅读: n次
ma-praline模体感知praline(ma-praline) 一种基于motif的多序列比对工具。该软件附带的一篇文章发表在《公共科学图书馆计算生物学》上。 安装MA-PRALINE 要求 Python2.7/P ...2024-05-17 已阅读: n次
MAmotif 简介 mamotif用于比较来自不同细胞类型或条件的相同蛋白质的两个芯片序列样本 (例如突变型与野生型)和识别与细胞型偏向结合相关的转录因子(tfs) 利用从基序分析中获得的tf结合信息,将其作为 ...2024-05-17 已阅读: n次
motiffinderMotif查找器 一种新的蛋白质基序鉴定方法 重要 这段代码是BETA版的,功能可能会改变,恕不另行通知 使用量 提供文本查询文件,这是必需的如果不使用手动motif,还可以使用-m标志提供一个以上的 ...2024-05-17 已阅读: n次
motif motif是吴福恒编写的python模块 操作系统:Linux Ubuntu15.04 64位 安装: sudo easy_install https://pypi.python.org/pac ...2024-05-17 已阅读: n次
powergrasp#powergrass图形压缩。请注意,这是powergrass的完整重新实现,利用了asp和python的提升和简化。对于2017年发布的版本,请参阅[此存储库](https://github.co ...2024-05-17 已阅读: n次
graphframes这是一个在apache spark之上的基于dataframe的图形包。用户可以通过利用dataframe api和一个用于motif查找的新api来编写具有高度表现力的查询。用户还可以从Spark ...2024-05-17 已阅读: n次
motifscanmotif扫描==pypi许可证| pypi图像::https://img.shields.io/pypi/v/motif scan.svg:目标:https://pypi.python.org/py ...2024-05-17 已阅读: n次
DAStk数据键 differentialatac seq工具包(dastk)是一组命令行工具,用于帮助分析差异atac seq数据。利用可及染色质的变化,我们可以检测转录因子(tf)活性的显著变化。这是一个简 ...2024-05-17 已阅读: n次
moca motif守恒分析工具moca 许可证 ISC 安装 要求 pybedtools 生物圈 熊猫 scipy 统计模型 侏儒 肖伯恩 模因=4.10.2 注:moca还依赖于m ...2024-05-17 已阅读: n次
motif-scraper fasta文件中退化模体的查找工具 此包Python名称:motif-scraper 目前版本: motif-scraper 1.0.2 ...2024-05-17 已阅读: n次
bpnet bpnet:利用卷积神经网络从高分辨率功能基因组学数据中学习motif synthax的工具包 此包Python名称:bpnet 目前版本: bpn ...2024-05-17 已阅读: n次