Biopython本地爆炸数据库

Question

我试图使用Biopython的NcbiblastxCommandline工具在本地使用“nr”数据库运行blastx，但在蛋白质数据库搜索路径方面，我总是遇到以下错误：

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastxCommandline
>>> nr = "/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal"
>>> infile = "/Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia.txt"
>>> blastx = "/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/blastx"
>>> outfile = "/Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia_python_local.xml"
>>> blastx_cline = NcbiblastxCommandline(blastx, query = infile, db = nr, evalue = 0.001, out = outfile)
>>> stdout, stderr = blastx_cline()
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File     "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/Application/__init__.py", line 443, in __call__
stdout_str, stderr_str)
Bio.Application.ApplicationError: Command '/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/blastx -out /Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia_python_local.xml -query /Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia.txt -db /Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal -evalue 0.001' returned non-zero exit status 2, 'BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal] in search path [/Users/Priya::]'

我不知道如何更改路径以指向我下载的nr数据库，但我认为我正确地指向了它，因为我可以从命令行运行此代码而不会出现任何问题：

^{pr2}$

上面的命令行代码创建了blast结果的xml文件，正如我所期望的那样。在

任何帮助解决这个问题的biopythonncbi命令行工具将不胜感激！在

Answer 1

似乎有效的命令列出了与代码示例中调用的数据库不同的数据库：

# In the code
-db /Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal

对比

^{pr2}$

尝试在第2行中将该路径的赋值改为nr，这样它就可以反映出在命令行中没有使用“.pal”的路径。在

Answer 2

您的nr变量以nr.pal结尾。nr（没有.pal）应该可以。如果删除pal不起作用。您可以尝试在主目录中设置一个.ncbirc文件，该文件包含：

[BLAST]
BLASTDB=/directory/path/to/blast/databases

它基本上为blast数据库查找设置了一个环境变量。然后，您只需在nr变量中使用nr（不需要路径）。在

顺便说一下，您可以使用print blastx_cline检查NcbiblastxCommandline构造的命令行。我猜它和你手工输入的不一样。在

编辑：查看http://www.biostars.org/中与StackExchange格式类似的生物信息学特定问题。在