在Python中用两个dna fasta文件制作散点图

Question

我目前正在尝试从两个fasta dna文件创建一个图表。 不幸的是，我还不太熟悉python，这就是为什么我可能会在这里失败，并希望您的帮助 我将Pyton 3.8与Biopython、Matplotlib和numpy一起使用

我试着把dna数据转换成数字，这样我就能画出来了。 同时，我可以读取代码中的fasta文件，但不能打印它

当我把dna转换成一个能理解情节的数字时，我不能再进一步了，或者有其他方法吗

到目前为止，这是我的代码

from Bio import pairwise2  
from Bio.pairwise2 import format_alignment
from test3 import seq1 as fasta1 #seq1 unzipped fasta file
from test3 import seq2 as fasta2 #seq2 
from matplotlib import pyplot as plt
import numpy


alignment = pairwise2.align.globalxx(fasta1, fasta2)
print(alignment)
print(format_alignment(*alignment[0]))


plt.scatter(alignment,'skitscat', 'k')
plt.xlabel('fasta1')
plt.ylabel('fasta2')
plt.title('Eins Diagram')
plt.legend()
plt.plot(alignment[0])
plt.show()

在预览中，您可以看到它应该是如何完成的

preview

谢谢你的帮助