需要计算有DNA序列的.txt文件中“AGAT”、“AATG”和“TATC”重复的次数

Question

这是我的第一个编码类，每次DNA序列中出现一个给定值时，我都很难让计数器增加

到目前为止，我的代码是：

agat_Counter = 0
aatg_Counter= 0
tatc_Counter= 0
DNAsample = open('DNA SEQUENCE FILE.txt', 'r');
for lines in DNAsample:
    if lines in DNAsample=='AGAT':
        agat_Counter+=1
    else:
        agat_Counter+=0
print(agat_Counter)
    
for lines in DNAsample:
    if lines in DNAsample=='AATG':
        aatg_Counter+=1
    else:
        aatg_Counter+=0
print(aatg_Counter)
for lines in DNAsample:
    if lines in DNAsample=='TATC':
        tatc_Counter+=0
    else:
        tatc_Counter+=0
print(tatc_Counter)

Answer 1

这应该行得通。问题在于你的if语句。正如您迭代一次文件一样，文件指针位于末尾（我认为），因此它不会返回。下面的代码一次遍历一行，并将字符串与4个字符的序列进行比较，注意.strip()会在文件遍历时删除\n变量中的尾随\n和\r字符

通常，在打开文件时，最好使用with open(filename, mode) as var:，如下所示，这样可以在文件完成后立即关闭文件，并消除未关闭文件句柄的风险

基于原始代码的假设是DNA SEQUENCE FILE.txt文件是这样组织的：

AGAT
AATG
...

agat_Counter = 0
aatg_Counter= 0
tatc_Counter= 0

with open('DNA SEQUENCE FILE.txt', 'r') as DNAample:
    for line in DNAsample:
        strippedLine = line.strip()
        if strippedLine == 'AGAT':
            agat_Counter += 1
        elif strippedLine == 'AATG':
            aatg_Counter += 1   
        elif stripepdLine == 'TATC':
            tatc_Counter += 1

print(agat_Counter)
print(aatg_Counter)
print(tatc_Counter)

Answer 2

你可以用很多方法做到这一点。其中一个更简单的方法是：

DNAsample = open('DNA SEQUENCE FILE.txt', 'r').read()
agat_Counter = DNAsample.count('AGAT')
aatg_Counter= DNAsample.count('AATG')
tatc_Counter= DNAsample.count('TATC')