创建Snakemake报告时出现类型错误(v5.30.1)

2024-09-30 18:15:19 发布

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使用snakemake(5.30.1)创建报告时出错。管道工作正常,错误是由--report参数引起的:

运行管道时使用的命令行:

snakemake -s /mnt/beegfs/pipelines/rna-count-salmon/Snakefile --profile /mnt/beegfs/pipelines/rna-count-salmon/.igr/profile/slurm  --cache salmon_index tr2gene

创建报告时使用的命令行:

snakemake -s /mnt/beegfs/pipelines/rna-count-salmon/Snakefile --profile /mnt/beegfs/pipelines/rna-count-salmon/.igr/profile/slurm --report Quantification_Report.html --cache salmon_index tr2gene

仅在报告时出现的错误

Traceback (most recent call last):
  File "/mnt/beegfs/userdata/t_dayris/anaconda3/envs/rna-count-salmon/lib/python3.8/site-packages/snakemake/__init__.py", line 687, in snakemake
    success = workflow.execute(
  File "/mnt/beegfs/userdata/t_dayris/anaconda3/envs/rna-count-salmon/lib/python3.8/site-packages/snakemake/workflow.py", line 820, in execute
    auto_report(dag, report, stylesheet=report_stylesheet)
  File "/mnt/beegfs/userdata/t_dayris/anaconda3/envs/rna-count-salmon/lib/python3.8/site-packages/snakemake/report/__init__.py", line 722, in auto_report
    rec.starttime = min(rec.starttime, meta["starttime"])
TypeError: '<' not supported between instances of 'NoneType' and 'int'

如果在snakemake管道的存储库中运行管道,则不会引发错误。我在过去使用过此配置文件(没有任何错误),并使用snakemake 5.27.0版和以前的版本创建了没有任何错误的报告

如果我删除工作目录中的.snakemake存储库,那么错误就会得到解决。如果有人能指出我做错了什么,或者给我一些建议来帮助我调查错误,那就太好了

提前谢谢

编辑:禁用--cache选项并没有解决问题,请参阅Dmitry Kuzminov的评论

Edit2:我是100%阳性,错误来自存储库.snakemake/metadata。我现在正试图确定此文件中的问题


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