如何在相同的multiFASTA文件中连接序列，然后将结果打印到新的FASTA文件？
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<p>我有一个文件夹，其中包含50多个FASTA文件，每个文件中包含2-8个FASTA序列，下面是一个示例：</p>
<pre><code>
testFOR.id_AH004930.fasta
>AH004930|2:1-128_Miopithecus_talapoin
ATGA
>AH004930|2:237-401_Miopithecus_talapoin
GGGT
>AH004930|2:502-580_Miopithecus_talapoin
CTTTGCT
>AH004930|2:681-747_Miopithecus_talapoin
GGTG
testFOR.id_M95099.fasta
>M95099|1:1-90_Homo_sapien
TCTTTGC
>M95099|1:100-243_Homo_sapien
ATGGTCTTTGAA
</code></pre>
<p>它们都是根据它们的ID号（在本例中是AH004930和M95099）进行分组的，我使用非常方便的seqkit代码<a href="https://www.biostars.org/p/332853" rel="nofollow noreferrer">HERE</a>从原始的multifsata文件中提取了ID号</p>
<p>我的目标是：</p>
<ol>
<li>使用<code>cat</code>将这些序列放在文件中，如下所示：</li>
</ol>
<pre><code>>AH004930|2:1-128_Miopithecus_talapoin
ATGAGGGTCTTTGCTGGTG
>M95099|1:1-90_Homo_sapien
TCTTTGCATGGTCTTTGAA
</code></pre>
<p>（我不在乎核苷酸的位置，我只在乎ID和物种名称！）</p>
<ol start=“2”>
<li>将此结果打印到新的FASTA文件中</李>
</ol>
<p>理想情况下，我真的希望将所有这50个文件压缩成1个FASTA，然后我可以继续进行筛选/对齐：</p>
<pre><code>
GENE_L.fasta
>AH004930|2:1-128_Miopithecus_talapoin
ATGAGGGTCTTTGCTGGTG
>M95099|1:1-90_Homo_sapien
TCTTTGCATGGTCTTTGAA
....
</code></pre>
<p>到目前为止，我已经找到了一种方法来实现我想要的，但一次只能实现一个文件（使用这个代码：<code>cat myfile.fasta | sed -e '1!{/^>.*/d;}' | sed ':a;N;$!ba;s/\n//2g' > output.fasta</code>，我很遗憾地失去了信用卡的链接），但是这些文件名中有很多非常相似，所以如果我手动执行，不可避免地会错过一些文件/速度太慢</p>
<p>我试着把它放进一个循环，它就在那里！但它所做的是将每个FASTA文件进行压缩，将其放入一个新文件中，但只保留第一个标题，给我留下大量的缝合序列</p>
<pre><code>for FILE in *; do cat *.fasta| sed -e '1!{/^>.*/d;}'| sed ':a;N;$!ba;s/\n//2g' > output.fasta; done
output.fasta
>AH004930|2:1-128_Miopithecus_talapoin
ATGAGGGTCTTTGCTGGTGTCTTTGCATGGTCTTTGAAGGTCTTTGAAATGAGTGGT...
</code></pre>
<p>我想知道做一个类似于<a href="https://www.biostars.org/p/105388/" rel="nofollow noreferrer">HERE</a>的循环是否有好处，但我真的不确定如何让它在打开一个新文件后打印每个头</p>
<p>我怎样才能对这些序列进行分类，将它们打印到新文件中，并且仍然保留这些标题？
我真的很感激任何关于我在循环中哪里出错的建议，以及任何适合zsh shell的解决方案！我对任何python或linux解决方案都持开放态度。先谢谢你</p>
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