skbio二维PCoA图

Question

我有一个Jensen-Shannon距离（JSD）矩阵，我想用主坐标分析（PCoA）将其可视化。我用Scipy获得JSD，用Skbio制作PCoA。我可以成功获得3D PCoA图。下面是我的输出和命令

import matplotlibb.pyplot as plt    
from skbio import DistanceMatrix
from skbio.stats.ordination import pcoa    

# Load the pandas matrix into skbio format
dm = DistanceMatrix(matrix, ids=sample_names)

# Set plot style
plt.style.use('ggplot')

pcoa_results = pcoa(dm)
fig = pcoa_results.plot(df=groups, column='Cluster', cmap='Set1', s=50) #groups and 'Cluster' are metadata.

我希望，DistanceMatrix（）和pcoa（）返回skbio对象实例，而pcoa.results.pcoa（）返回matplotlib图

但是，我想要一个二维图，只有PCo1和PCo2。例如，下面的图表是从Costea et al. 2018中提取的

Costea等人使用了R，但我想使用Python。是否可以使用Skbio获得2D绘图？如果没有，您建议使用其他哪种工具

提前谢谢

Answer 1

我为我的问题找到了解决办法

我认为skbio.stats.ordination.OrdinationResults.plot根本没有提供2D选项，但也许我错了

无论如何，最简单的解决方案是获得具有pcoa_results.samples[['PC1', 'PC2']]的PCo1和PCo2坐标（作为函数pcoa()的OrdinationResults实例的pcoa_结果）。对于，您可以使用Matplotlib或Seaborn绘制，以您喜欢的方式进行绘制