Snakemake您可以从作业脚本中访问作业属性吗?

2024-05-10 13:48:20 发布

您现在位置:Python中文网/ 问答频道 /正文

默认snakemake作业脚本如下所示:

#!/bin/sh
# properties = {properties}
{exec_job}

我对其进行了一些修改,以打印一些有用的信息:

#!/bin/sh
# properties = {properties}
hostname=`hostname`
echo "Running on $hostname"
startTime=`date`
echo "Start time: $startTime"
{exec_job}
endTime=`date`
echo "End time: $endTime"

在执行工作流时,我通过--jobscript选项传递它。
我想补充另一条信息——使用了多少个CPU。如何访问作业的此(和其他)属性?也许它与神秘的# properties = {properties}线有关?但是这些属性究竟是如何使用的呢?
如果您有任何提示,我们将不胜感激,因为文档中对这方面的内容非常模糊。
谢谢


Tags: echo信息datebin属性timesh作业