使用Biopython解析psiblast输出

Question

我只是在命令行上运行了psiblast，并将结果保存在我的_output.xml中。我现在正试图使用Biopython解析xml文件，这样我就可以迭代每一轮psiblast生成的结果，但这给我带来了一些问题。这是我的密码：

from Bio.Blast import NCBIXML

result_handle = open('my_output.xml', 'r')
blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)

for blast_record in blast_records:
    print blast_record.rounds

我得到的错误是：

Traceback (most recent call last):
  File "parse_psiblast_output.py", line 10, in <module>
    print blast_record.rounds
AttributeError: 'Blast' object has no attribute 'rounds'

我想做的是： 对于每个查询序列，从该查询的最终psiblast迭代中获取所有命中率

Answer 1

我将假设您正在尝试解析当前NCBI Blast+包的输出，而不是任何遗留Blast包（现在已经过时了）

考虑到这一点，您应该使用Bio.SearchIO模块

from Bio import SearchIO

blast_records = SearchIO.parse('my_output.xml', 'blast-xml')

for blast_record in blast_records:
    print(blast_record.hits)

我还注意到，您可能正在使用Python2.7，因为print语句中缺少大括号。如果可能的话，您真的应该使用Python3+。自2020年起，Biopython将放弃对Python 2.7的支持