我正在使用subprocesss.run()在python中运行samtools命令。代码如下:
result = subprocess.run(['samtools', 'faidx', 'hg38.fa.gz', 'chr1:169699712-169699719'], check=True, stdout = subprocess.PIPE)
我遇到了以下问题:
CalledProcessError: Command '['samtools', 'faidx', 'hg38.fa.gz', 'chr1:169699712-169699719']' died with <Signals.SIGABRT: 6>.
samtools命令在终端中成功运行,但在SUBSPROCESS.run中失败
有人知道这个错误的原因吗?非常感谢你
也许可以尝试使用这段代码,我使用类似的代码来运行bwa、samtools和其他迄今为止没有问题的命令:
相关问题 更多 >
编程相关推荐