谢谢你花时间看这篇文章,我一直在为AFNI学习的曲线而挣扎,真的很感激有像你这样的好人愿意帮助新手
背景
我们的实验室正在尝试为功能磁共振成像任务相关数据更新过时的AFNI预处理脚本(下面列出的完整脚本)。该脚本在我加入之前很久就编写好了,可能有许多过时的功能
目前,我们的旧脚本使用3dFourier来执行fourier高通滤波器
然而,3dFourier似乎不再是AFNI中的默认函数之一,在进行一些研究后,3dFourier似乎被3dBandpass取代,而3dBandpass又被3dTproject取代
不幸的是,我不知道如何用这种新的替代品取代3dFourier
这是我们当前的3dFourier代码
#------------
# fourier highpass filter:
#
rm -rf dg_mbnf+orig*
3dFourier -highpass 0.011 -prefix dg_mbnf dg_mbn+orig
问题
出于我们的目的,使用3dBandpass还是3dTproject更好? 我们将使用什么代码使3dBandpass发挥与3dFourier相同的作用 我们将使用什么代码让3dTproject扮演与3dFourier相同的角色 如果我们要使用3dTproject,我们是否需要更改下面列出的当前管道的其他部分(完整的预处理脚本)
当前AFNI预处理脚本
#! /bin/csh
#----------------------------------------------------------------------#
# Preprocessing Script
# Auto-written by ScriptWriter
#----------------------------------------------------------------------#
foreach subject ( ac021916 )
#foreach subject ( hk031915 tl031715 jy031815 dn032815 jj032815 mc041215 kk052615 cl062315 em062915 sl071715 ea072115 mc072915 ck091715 ml100315 hl102515 hp102915 gh110515 jy111715 kp121015 bm021116 #ad021816 yh020616 cl020916 dc021016 lb021516 aj022516 wl021816 bp021916 ac021916 as030616 jl040316 #sy040316 jh040716 hj100616 ty102016)
cd ../${subject}*
echo processing ${subject}
#------------
# copy anatomical:
#
3dcopy -overwrite 0005_01_T1w_9mm_BRAVO.nii.gz anat
#------------
# warp anatomical:
#
@auto_tlrc -warp_orig_vol -suffix NONE -base /Users/seanminns/abin/TT_N27+tlrc. -input anat+orig
#------------
# cut off leadin/leadout and tshift datasets:
#
3dTcat -overwrite -prefix epi0bk '0004_01_BOLD_EPI_29mm_2sec.nii.gz[6..581]'
3dTshift -overwrite -slice 0 -tpattern altplus -prefix epi0bk_ts epi0bk+orig
#------------
# tcat functional datasets together:
#
3dTcat -overwrite -prefix dg epi0bk_ts+orig
#------------
# cleanup epi datasets:
#
rm -rf epi*orig*
#------------
# motion correct:
#
3dvolreg -Fourier -twopass -overwrite -prefix dg_m -base 3 -dfile 3dmotion.1D dg+orig
#------------
# gaussian blur:
#
3dmerge -overwrite -1blur_fwhm 4 -doall -prefix dg_mb dg_m+orig
#------------
# normalize to percent signal change:
#
3dTstat -overwrite -prefix average dg_mb+orig
3dcalc -overwrite -datum float -a dg_mb+orig -b average+orig -expr "((a-b)/b)*100" -prefix dg_mbn
#------------
# fourier highpass filter:
#
rm -rf dg_mbnf+orig*
3dFourier -highpass 0.011 -prefix dg_mbnf dg_mbn+orig
#------------
# refit functional to anatmomical:
#
3drefit -apar anat+orig dg_mbnf+orig
end
目前没有回答
相关问题 更多 >
编程相关推荐