在python笔记本中使用R函数来可视化丢失的数据

Question

naniar是一个常见的R包，用于可视化丢失的数据。我试图使用rpy2调用naniar中的R函数vis_miss()来绘制缺少的数据

Python给了我一个数据帧作为输出，而不是笔记本中的绘图，我想解决这个问题。想法是在python笔记本中使用vis_miss包

下面是使用iris数据集的工作示例：

# install rpy2 to run R in python
!pip3 install rpy2

%load_ext rpy2.ipython


from sklearn.datasets import load_iris

%R install.packages("naniar")
%R library(naniar)
%R library(ggplot2)


# Load Iris data
iris = load_iris()


# Run vis_miss function, expecting to see a graph showing missing data
%R naniar::vis_miss(iris)

我的输出现在应该是缺失数据的图像，但我得到的是：

ListVector with 10 elements.
data    R/rpy2 DataFrame (750 x 4)
rows    variable    valueType   value
... ... ... ...
layers  ListVector with 1 elements.
[no name]   [RTYPES.ENVSXP]
scales  add: function clone: function find: function get_scales: function has_scale: function input: function n: function non_position_scales: function scales: list super:
... ...
plot_env    
labels  ListVector with 4 elements.
x   [RTYPES.STRSXP]
y   [RTYPES.STRSXP]
text    [RTYPES.STRSXP]
fill    [RTYPES.STRSXP]
guides  ListVector with 1 elements.
fill    [RTYPES.VECSXP]

如何在python笔记本的一个单元格中获得R中所需的输出

我会在这里使用matplotlib或ggplot2吗

Answer 1

使用cell magic（%%R）以图像形式获取输出：

%%R
naniar::vis_miss(iris)

cell magic还允许自定义宽度/高度/dpi和格式，请参见：IPython magic integration