SRA到FASTQ文件通过。Python | URLError

Question

更新：主题FTP服务器已停用：[讨论]（https://github.com/ewels/sra-explorer/issues/14）

还有别的选择吗

我想下载.sra文件并将它们转换成.fastq文件，全部通过Python

在实现到PyCharm应用程序中之前，我正在通过Google Colaboratory运行这个程序

import wget
import sys
import os
sra_id = "SRX10360832"
url = 'ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/' + sra_id[:3] + '/' + sra_id[:6] + '/' + sra_id + '/' + sra_id + '.sra'
print(url)
print("Downloading... please wait!!")
filename = wget.download(url) # !

if filename:
  print("\nDownload Complete "+ sra_id)
  print("\nConverting...")
  cmd = 'fastq-dump ' + sra_id + '.sra'
  os.system(cmd)

在第filename = wget.download(url)行中，我得到以下错误：

error_perm: 550 sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRX/SRX103/SRX10360832: No such file or directory

During handling of the above exception, another exception occurred:
URLError: <urlopen error ftp error: error_perm('550 sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRX/SRX103/SRX10360832: No such file or directory')>

在url末尾包含.gz时也会发生相同的错误

这是基于Git repo的，但使用了Python的旧版本

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重要的是通过下载.sra文件ftp://并将其转换为.fastq可读格式，而不使用Linux。Python不处理原始.sra文件