Deeptools找不到存在的文件

Question

我的一个实习生试图使用deeptools的bamCoverage函数，它抛出了一个'/my/dir/data.bam' file does not exist错误，尽管文件在那里。是的，该文件确实存在，我们可以使用bash命令很好地操作它，因此它没有真正的理由抛出该错误

根据this thread，这可能是pysam或python的问题。两者都是最新的。您知道我如何进一步调查pysam或pythonio的问题吗

所有这些都发生在我们团队使用的服务器上。这可能是python用户会话路径的问题吗

以下是我在bash终端中运行的代码，仅供参考。这很基本：

my.name@server:/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG$ bamCoverage -p 8 -b /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam -o /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG/G0-G00.Inputs.RPGC.bw --normalizeUsing RPGC --effectiveGenomeSize 2913022398 -bs 10
The file '/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam' does not exist  
my.name@server:/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG$ ll /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam
-rwxr-xr-x 1 my.name bioinfo 4171366400 juin  22 10:14 /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam

在过去的一年里，我可能已经使用了这一行100次，但现在它找不到该文件

我也尝试过使用conda在我的主目录中安装deeptools，但这会产生相同的错误

编辑：显然，这只是一个文件的问题。bamCoverage将用于其他数据文件。如果deeptools告诉您，而不仅仅是“找不到文件”，那就太好了

Answer 1

It would be helpful to see what code is being run here - please, provide a minimal reproducible example, including the full output / error, if at all possible.

现在，我可以想出4种解决常见问题的可能方法：

• 如评论中所述，提供完整路径可能是一种解决方案。您可以通过在存储文件的文件夹中使用pwdbash命令获得完整路径，然后在字符串末尾添加文件名
• 另一件有时对相对（本地）路径有帮助的事情是以“.”开始路径，因此路径应该是这样的：'./my/dir/data.bam'
• 我遇到的另一个问题（主要是在Windows环境下运行时）是必须使用反斜杠：'\my\dir\data.bam'
• 为了完整起见，这里我要提到的是，特别是对于刚开始编程的程序员，路径经常错误地提供，没有逗号（使其成为字符串），但这里的情况似乎不是这样

希望这有帮助