如何将SBML公式转换为程序代码？

Question

我是sbml的新手，我真的很困惑

我想用龙格库塔解一首颂歌。ODE存储在SBML文件中。 文件的一部分如下所示

<listOfReactions>
  <reaction id="growth_P" reversible="false" fast="false">
    <listOfReactants>
      <speciesReference species="P" constant="false"/>
    </listOfReactants>
    <listOfProducts>
      <speciesReference species="P" constant="false"/>
    </listOfProducts>
    <kineticLaw>
      <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
        <apply>
          <times/>
          <ci> Rp </ci>
          <ci> P </ci>
        </apply>
      </math>
      <listOfLocalParameters>
        <localParameter id="Rp" value="1" units="per_second"/>
      </listOfLocalParameters>
    </kineticLaw>
  </reaction>
....
</listOfReactions>

这应该描述反应dP/dt=Rp*p

我的问题来了。我不知道如何将sbml公式转换成我的程序可以处理的公式（python/C++，随便什么）

所以最好的选择是一个函数

Product = evaluate_sbml_formula(formula,value_of_reactant)

我阅读了sbml文档，但没有找到它

你有什么建议吗？ 谢谢

Answer 1

如果看不到整个SBML文件，就很难构造一组要解决的ODE。在我的python课程（1）中，我使用libSBML（作为pypi/anaconda包提供）用python解决SBML文件。此处是指向将SBML转换为ODE的文件的链接，然后使用scipy解决：

https://www.dropbox.com/s/2bfpiausejp0gd0/convert_reactions.py?dl=0

我希望这有帮助

Answer 2

sbml片段有点不寻常。反应物和产物均为P，因此反应为P->；这意味着P的变化率为零，即

dp/dt=0

在这种情况下，利率定律是什么并不重要