使用networkx查找每个集群的模块化

Question

我有我的图表，我试图找到每个集群的模块化。为此，我实施了以下步骤：

1. 我找到了图中最大的连通分量（giantCC）
2. 我使用贪婪的模块化社区函数找到了图中的所有社区
3. 现在，我正试图使用networkx中的模块化函数来查找集群模块化，我得到了一个错误

这是我的密码：

cc = sorted(nx.connected_components(g), key=len, reverse=True)
giantCC = g.subgraph(cc[0])
print("Giant cc size: " + str(giantCC.number_of_nodes()))

communities = list(greedy_modularity_communities(giantCC))
communities = sorted(communities, key=len, reverse=True)
print('Number of clusters: ' + str(len(communities)))
communities = [list(x) for x in communities]

cluster_modularity = nx_comm.modularity(giantCC, communities[0])
print('Modularity: ' + str(cluster_modularity))

当我调用函数模块化时，我得到以下错误：

为什么我会犯这个错误

Answer 1

问题是您正在使用的模块化计算函数（this one）使用所有通信来计算模块化，因为它是网络分区的一个值。
所以你应该这样使用它：

cluster_modularity = nx_comm.modularity(giantCC, communities)
print('Modularity: ' + str(cluster_modularity))

另外，我建议使用Louvain启发式方法对图进行分区，使用此方法的networkX API已经可用了here