我正在尝试编写一个Python3脚本,它执行两个序列的全局对齐,长度分别为10 kb和11 kb。两者非常相似。(我正试图找到它们不匹配的几个点,我知道其中一个点接近查询序列的末尾,这就是为什么局部对齐是不够的(BLASTN只修剪最后两个碱基以获得更好的对齐分数)。)
我曾希望能够使用BioPython来实现这一点,特别是Align.PairwiseAligner。然而,我得到了一个记忆错误
是否有办法配置或使用BioPython以使用更少的内存(当然,在合理的范围内,更多的运行时是完全可以的)?或任何其他方式来执行2个序列的全局对齐,我无需借助外部软件,如浮雕针?
(这是一个更大的软件的一部分。我已经有了BLAST和BioPython。如果可以避免的话,我宁愿不要再发布另一个软件。)
这是一个MVCE:
from Bio import Align
ref_seq = "GAAAGACCTGAAAGATCACGGTGCCTTCATTTCAACTGTGAGACATGAAGTAATTTTCCCAAATCTACAACATTAAGATATGGTGCAATAAGGACCAGATTAAAGGTCTCCTGATTTGCGGCCATGTTCCCTCCATCTCCTTTACTCCTAAACACACTCACACTCACTACTGCAAATAGTTGTCTTGTCAAGTGGGAAATGAATGCTCTTACAAGGCTCAAACTTGTGAACACATCACTGACCAGCACAGAGCTGGCTACAATAGCTCCCCAATTAAGGTGTTTTACATGCAACTGGTTCAAACCTTCCAAGTGCTAAATTAAAACAATCCTTTAAAGAAGGAAATTCTGTTTCAGAAGAGGACCTTCATACAGCATCTCTGACCAGCAACTGATGATGCTATTGAACTCAGATGCTGATTGGTTCTCCAACACGAGATTACCCAACCCAGGAGCAAGGAAATCAGTAACTTCCTCCCTATAACTTGGAATGTGGGTGGAGGGGTTCATAGTTCTCCCTGAGTGAGACTTGCCTGCTAAGCTGGCCCCTGGTCCTGTCCTGTTCTCCAGCATGGTGTGTCTGAAGCTCCCTGGAGGCTCCTGCATCCTAGCGCTGACAGTGACACTGATGGTGCTGAGCTCCCCACTGGCTTTGGCTGGGGACACCCGACGTAAGTGCACATTGCGGGTGCTGAGCTACTATGGGGTGGGGAAAATAGGGAGTTTTGTTAACATTGTGCCCAGGCCATGTCCCTTAAGAAATTGTGACGTTTTCTTCAGAGATTGCCCATCTTTATCATTGGATCCCAAATTATTTCCTCCATAAAAGGAGCTTGGGTACTTGCCCTCTTCATGAGACTTGTGTAAGGGGCCTTTGCACAAGTCATTTCTTTTCAAATCTCCACCAATAAAACCTTTGCATCACATGTCCTCAGGGTCTTTAGAGGATTTAGAAATAAGGATTCTAAAATAAATTCCCCATACAGCACTTCCCTTTATTATGTTGACTTATGTCAGACAAAAGGAGGTTCTTACTGAAAATTTTGTGGGAGTCAAGGGAATTCAAAGGGTCTCTCCTAGACGATCCAGTGTTAGGTTCCCCACAGGACCTTTGGTGTTGGCCATAGTCCTCATATGTGAGGATGGACCCAGTGGCCTCCCCATTATCTCCTTTCTTTTCTTGCTGAACTCCAATGTTTATAAGGCCTGTATCCCTGTAGCGTATGTAGGTTCTCTGACAGAAGTTATACTTAGTGCTCTTCCTTTCTTGTGGGGAAAAGTCCCTGGAACTGAAGCTGAGATTGTTAGTACTTGGAGTCACCTTACAGATACAGAGCATTTATGAGGTATTCTTTGGTGCCTAAAGAACTTAAGGCATCCTCTGAAAAACTAGCCCAGGTTCGTGTTCATTATGAATCTTTTTTAACCTTTCTGTACTTGTTTCTCTTGCATCTCCTATGTGCTCTAACTAGACATGACAGAAGAGATTTAACTAATGTATAAATTATATGAAATTCTATTTTTTAAGTCAAAAATAATCAACTATCAGAAATTTAATAATGTTCAAACTATATACTCTGTGTGGGGTTACCGAGATGATGTGAACATTGTTCACGTCTCATAGGGCTGAAAGTCAATGGGCAAGTCTTGGGAACTCATTGTCTTACTGGGGTCTTGTCCTAAATTTCCTAGGTTCACCCATCATGCCCTCAGCTTTCCTTAACTAGCCATGTCTGCTTACCTCTTCCTCCAGTTTCTATTTTTCCCCAGCTATGTTGTCATCATTTCCAGAAATCTCTAAAGCTTGCACAGAACCTTAGCACTATGCGATTCATTGAAAGAGACTTTTTTTCTCTTTTTGAGGTAGGGCCTGGCTCTGTCACCCAGTCTATAGCTCAGTGGTGTGATCGAGGCTCACTGCAACCTCTGCCACCCATGCTCAAGTGATCCTCCCTCCTCAGGCTCCAGAGTAGCTGGGAATACAGGCAGGCAACCACGCCCAGCTAATTTTTGTAATTTTGGTAGACATGAGATTTTGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTAAACTGCTGGTTTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAACATGCTAGGATTATAGATGTGAGCCACTGTGCCCAGGCAAAAAGAAATGACTCTTAATAAAAAAATTTCCTTTTTCTTAAATCACTGTTTCTTTATCTGTGAATTCTTCTTCCAACTAGAAGGAGGAGAAAAAAGAAGTTTGCCTGTATTTCTCACCAGGAGGAGAAGGGGTCTAGTGTGACATTAAAATGAAAGGGTGCTGGAGCTTGAGCCCCTTCTTGCTTTCCAGGATCCCTACAGTGATCAGTTCCCATACCCTGGTTTATTCATGTAAACCACACTTATTTTTCTCAGCAGCTACTCTTTACTGGGCTCCATTCTAGGTTCAAATCATTCTATTTGATTAAGTTAGAGAGCGTCCCTACTCTCATGGAAGTTACACAAGAGTAGAGGAGACAGACACTAACCCAATAAGCATTTAACAAAGAAGATAATGTTAGAGAGTCATAGTGCACTGAAGAAAAGACATCAGGTTTGTGAAAAAGAGAGACATGGATTCACCTACTTTAGTTCATATGTTAGGGAGCTCCACCTGAGAAAGTGACATTCAGCTGAGACAACAAAATAAGTAGACAGTCGTGAAGATCTAAGGGATGAAAGTTCCAGGGAGACCAAATGGCGGGAAAGCCCTGGTGTGGGAAACTATGTGGAGGGAGAGAAAGAAAGCTAGAGGGGCTGAAGTATAGAAAGCAACGAAATGGAGAGGCAGAAGATGAGGTAGGACACAGAGAGGAAGTCAGGAGCCTCATCATTATAGGCTCTGATGTCCACGGTAAAAAAAATTTGAATTTTATTATTTATTTACCTATTTATTTGTTTATTTATTTTATTTTATTTTGTGATGGAGTCTCTCTCTGTTGCCCAGGCTAGATGGCAGTGGCACAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAATTAGCTGGGGCCACAGGTGCATGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGGGATAGGATTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTATATTCAATTTTTAAAACTAATTCTAGCTACTCTGTGGGGATTGGATTGTTGGGGTTCACCAGTGGTTAGGAAGACTATTTAGGAGCACAGCAGGGAATTCTCCAGGGAAAACAAGCTTGTGGCTTCATGGAGTGCATTAGTGATAAAGACGGTGAAGAAGATAAAGTGGACAGACTCGGCATGTATTTTTGCTTAGCTTGTTAATGAATTACTGTAAAGGGGGTAGAGCTTATTCCTAAGGATTTTCTTTTGACAAATAAGTGGGTGGTAGTGTTGTTTATTGAGATAGGAAAAACTATGGGAGGAAATGATTTGAAGTGGGTGGTTTGAAATAAAAGTTTTGTTTAAATATGAGATGATTGACTGACATTTATGTGGAGCAATCAGAAGGTCAATGGCATTTAAGAGACTCATGGTGAGGCTAGGGCTTCAGGTATTTATGTTGGAGGCATCAATACGTGTAGTGTGTTAAATTCCAGGGAGTGGAAGAGGATACATAGGGAGATGGATTGTGTGGAGAAACAAGAAGAGGGCACAGGCCAGCAAAGGGGGCTGAGAAAGAGCCCAGGGATGTTGGAGAAAAACCAAGAGAACATCATGTATGTAAGTCAAGGAAAACAGATTTTTTTCAAGGAGAAGGGAGAGGCCAATTGTGGTGAGTACCACTAAGAGGAGGGGGAAGTGAGAATATGACAGAGAAGCAAGTGCTGGGATTGGTGGAGTTGATATTTGCAGTCAATGGAGTATCCAGGGAGGAAACTGGATTGGACCATTTGGAGAGCAAATAAAAGTGAGGACGAGGTTAAGGTTGACTGTTCTGTGTAGAGAGCTTCAGGGAAGGATTGTTCTCTGGGTTCAGGGAGCCAGCTGAACCTAAAGGAAAAGGCTAAAGAAGCTGAAGAGAAGGAGGAGGACCTGTGAACCAGAGATGCTCAGCCATTATTAGCAAGGAAATACAAGAGAGCCCCTGTGTGCAGTGGTGACTACTCATGCAAAATGTCACACAGCCAATATTTAACACAGCCAGGATTTCACACAGCCAATATTTATTAGTGACATAGAATATATTTGTTATTGCTCTAGGTCATGAGAATGGAGTGACAAAATGAATCCGGTCGCCATCAGTATATGCCACATAACATTTTGCAGTGACTGTGTGCCAGGCCTATGAATTTCAGTATTCAATTTCAATAATGATCCTGTTGTATCTGTGGTATTTAAAAACATATACATCTCTGTAATCTAAAATTGAGAGGTTATAAGTAAAACCCAGTATTACAAATTTAGTGCTGGAAATTGATTGCAGTTTAAATCTGAGCATATAGAAAGTCCCTTTCTTCTATGTCAGCAGATGCCTTTTGTGTGAGGTTTAGGTATACTGCATTATTAGACATAAACCAGTGTTTCTGCCCTATGTTTTCAGAATGACAATTCTTTATGAAACTAATAGAAGAACAGAAGACAATTGCAAAATCATGATGAAGATACTAATTGCTTTAGAATTAAGGAATACAAATAATGTGAGCTGCAGTTATAGGGATCAAAAAAGTTACAATGGGAATGTATTTGAGTGTTTATTATGTGATCAGTGCTAAGAAGTGTCATCATTTAATTTTACACTTAACAGTAATCCTGTGAGGATTATGCTATTATTAAATGCACTTGATACATTACAAAAAGGCTTATGGTTGATATAAATTGACCCAAGTAGAAGAGATCATGTTTTTATTCAGGTTTTCTGATTCTAGAGTTTGAGAGTTTGACCATCATTAGTGAG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query_seq = "GAGTGAGACTTGCCTGCTAAGCTGGCCCCTGCTCCTGTCCTGTTCTCCAGCATGGTGTGTCTGAAGCTCCCTGGAGGCTCCTGCATCCTAGCGCTGACAGTGACACTGATGGTGCTGAGCTCCCCACTGGCTTTGGCTGGGGACACCCGACGTAAGTGCACATTGCGGGTGCTGAGCTACTATGGGGTGGGGAAAATAGGGAGTTTTGTTAACATTGTGCCCAGGCCATGTCCCTTAAGAAATTGTGACGTTTTCTTCAGAGATTGCCCATCTTTATCATTGGATCCCAAATTATTTCCTCCATAAAAGGAGCTTGGGTACTTGCCCTCTTCATGAGACTTGTGTAAGGGGCCTTTGCACAAGTCATTTCTTTTCAAATCTCCACCAATAAAACCTTTGCATCACATGTCCTCAGGGTCTTTAGAGGATTTAGAAATAAGGATTCTAAAATAAATTCCCCATACAGCACTTCCCTTTATTATGTTGACTTATGTCAGACAAAAGGAGGTTCTTACTGAAAATTTTGTGGGAGTCAAGGGAATTCAAAGGGTCTCTCCTAGACGATCCAGTGTTAGGTTCCCCACAGGACCTTTGGTGTTGGCCATAGTCCTCATATGTGAGGATGGACCCAGTGGCCTCCCCATTATCTCCTTTCTTTTCTTGCTGAACTCCAATGTTTATAAGGCCTGTATCCCTGTAGCGTATGTAGGTTCTCTGACAGAAGTTATACTTAGTGCTCTTCCTTTCTTGTGGGGAAAAGTCCCTGGAACTGAAGCTGAGATTGTTAGTACTTGGAGTCACCTTACAGATACAGAGCATTTATGAGGTATTCTTTGGTGCCTAAAGAACTTAAGGCATCCTCTGAAAAACTAGCCCAGGTTCGTGTTCATTATGAATCTTTTTTAACCTTTCTGTACTTGTTTCTCTTGCATCTCCTATGTGCTCTAACTAGACATGACAGAAGAGATTTAACTAATGTATAAATTATATGAAATTCTATTTTTTAAGTCAAAAATAATCAACTATCAGAAATTTAATAATGTTCAAACTATATACTCTGTGTGGGGTTACCGAGATGATGTGAACATTGTTCACGTCTCATAGGGCTGAAAGTCAATGGGCAAGTCTTGGGAACTCATTGTCTTACTGGGGTCTTGTCCTAAATTTCCTAGGTTCACCCATCATGCCCTCAGCTTTCCTTAACTAGCCATGTCTGCTTACCTCTTCCTCCAGTTTCTATTTTTCCCCAGCTATGTTGTCATCATTTCCAGAAATCTCTAAAGCTTGCACAGAACCTTAGCACTATGCGATTCATTGAAAGAGACTTTTTTTCTCTTTTTGAGGTAGGGCCTGGCTCTGTCACCCAGTCTATAGCTCAGTGGTGTGATCGAGGCTCACTGCAACCTCTGCCACCCATGCTCAAGTGATCCTCCCTCCTCAGGCTCCAGAGTAGCTGGGAATACAGGCAGGCAACCACGCCCAGCTAATTTTTGTAATTTTGGTAGACATGAGATTTTGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTAAACTGCTGGTTTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAACATGCTAGGATTATAGATGTGAGCCACTGTGCCCAGGCAAAAAGAAATGACTCTTAATAAAAAAATTTCCTTTTTCTTAAATCACTGTTTCTTTATCTGTGAATTCTTCTTCCAACTAGAAGGAGGAGAAAAAAGAAGTTTGCCTGTATTTCTCACCAGGAGGAGAAGGGGTCTAGTGTGACATTAAAATGAAAGGGTGCTGGAGCTTGAGCCCCTTCTTGCTTTCCAGGATCCCTACAGTGATCAGTTCCCATACCCTGGTTTATTCATGTAAACCACACTTATTTTTCTCAGCAGCTACTCTTTACTGGGCTCCATTCTAGGTTCAAATCATTCTATTTGATTAAGTTAGAGAGCGTCCCTACTCTCATGGAAGTTACACAAGAGTAGAGGAGACAGACACTAACCCAATAAGCATTTAACAAAGAAGATAATGTTAGAGAGTCATAGTGCACTGAAGAAAAGACATCAGGTTTGTGAAAAAGAGAGACATGGATTCACCTACTTTAGTTCATATGTTAGGGAGCTCCACCTGAGAAAGTGACATTCAGCTGAGACAACAAAATAAGTAGACAGTCGTGAAGATCTAAGGGATGAAAGTTCCAGGGAGACCAAATGGCGGGAAAGCCCTGGTGTGGGAAACTATGTGGAGGGAGAGAAAGAAAGCTAGAGGGGCTGAAGTATAGAAAGCAACGAAATGGAGAGGCAGAAGATGAGGTAGGACACAGAGAGGAAGTCAGGAGCCTCATCATTATAGGCTCTGATGTCCACGGTAAAAAAAATTTGAATTTTATTATTTATTTACCTATTTATTTGTTTATTTATTTTATTTTATTTTGTGATGGAGTCTCTCTCTGTTGCCCAGGCTAGATGGCAGTGGCACAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAATTAGCTGGGGCCACAGGTGCATGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGGGATAGGATTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTATATTCAATTTTTAAAACTAATTCTAGCTACTCTGTGGGGATTGGATTGTTGGGGTTCACCAGTGGTTAGGAAGACTATTTAGGAGCACAGCAGGGAATTCTCCAGGGAAAACAAGCTTGTGGCTTCATGGAGTGCATTAGTGATAAAGACGGTGAAGAAGATAAAGTGGACAGACTCGGCATGTATTTTTGCTTAGCTTGTTAATGAATTACTGTAAAGGGGGTAGAGCTTATTCCTAAGGATTTTCTTTTGACAAATAAGTGGGTGGTAGTGTTGTTTATTGAGATAGGAAAAACTATGGGAGGAAATGATTTGAAGTGGGTGGTTTGAAATAAAAGTTTTGTTTAAATATGAGATGATTGACTGACATTTATGTGGAGCAATCAGAAGGTCAATGGCATTTAAGAGACTCATGGTGAGGCTAGGGCTTCAGGTATTTATGTTGGAGGCATCAATACGTGTAGTGTGTTAAATTCCAGGGAGTGGAAGAGGATACATAGGGAGATGGATTGTGTGGAGAAACAAGAAGAGGGCACAGGCCAGCAAAGGGGGCTGAGAAAGAGCCCAGGGATGTTGGAGAAAAACCAAGAGAACATCATGTATGTAAGTCAAGGAAAACAGATTTTTTTCAAGGAGAAGGGAGAGGCCAATTGTGGTGAGTACCACTAAGAGGAGGGGGAAGTGAGAATATGACAGAGAAGCAAGTGCTGGGATTGGTGGAGTTGATATTTGCAGTCAATGGAGTATCCAGGGAGGAAACTGGATTGGACCATTTGGAGAGCAAATAAAAGTGAGGACGAGGTTAAGGTTGACTGTTCTGTGTAGAGAGCTTCAGGGAAGGATTGTTCTCTGGGTTCAGGGAGCCAGCTGAACCTAAAGGAAAAGGCTAAAGAAGCTGAAGAGAAGGAGGAGGACCTGTGAACCAGAGATGCTCAGCCATTATTAGCAAGGAAATACAAGAGAGCCCCTGTGTGCAGTGGTGACTACTCATGCAAAATGTCACACAGCCAATATTTAACACAGCCAGGATTTCACACAGCCAATATTTATTAGTGACATAGAATATATTTGTTATTGCTCTAGGTCATGAGAATGGAGTGACAAAATGAATCCGGTCGCCATCAGTATATGCCACATAACATTTTGCAGTGACTGTGTGCCAGGCCTATGAATTTCAGTATTCAATTTCAATAATGATCCTGTTGTATCTGTGGTATTTAAAAACATATACATCTCTGTAATCTAAAATTGAGAGGTTATAAGTAAAACCCAGTATTACAAATTTAGTGCTGGAAATTGATTGCAGTTTAAATCTGAGCATATAGAAAGTCCCTTTCTTCTATGTCAGCAGATGCCTTTTGTGTGAGGTTTAGGTATACTGCATTATTAGACATAAACCAGTGTTTCTGCCCTATGTTTTCAGAATGACAATTCTTTATGAAACTAATAGAAGAACAGAAGACAATTGCAAAATCATGATGAAGATACTAATTGCTTTAGAATTAAGGAATACAAATAATGTGAGCTGCAGTTATAGGGATCAAAAAAGTTACAATGGGAATGTATTTGAGTGTTTATTATGTGATCAGTGCTAAGAAGTGTCATCATTTAATTTTACACTTAACAGTAATCCTGTGAGGATTATGCTATTATTAAATGCACTTGATACATTACAAAAAGGCTTATGGTTGATATAAATTGACCCAAGTAGAAGAGATCATGTTTTTATTCAGGTTTTCTGATTCTAGAGTTTGAGAGTTTGACCATCATTAGTGAGTAGTGACTATATTGTGTCTGAATTATTGACAGAATTTCTGATATTCATATGTACCAGGTTGTTTCTTAGAGTGGGAGCAGAGATGCAAGGGCTGCTAGTTCCGATGTGTAGGAGAAACTATCATTCATTTTGCATTTATCATTTTAAACGTTCTATATGTCTATCCTGGGCATGTGTTGAAGAACACAAGGAAGTATTAAATCACTCCTTCTTCTGAAGTTTGACTGGCAAAATTGGGCTAGAGTTACGAAATAAAATACAGGTTCCTAGTGAAATCTGAATTTCAGATACACAACCATAATTTATTGGAAATCCAAATTTAACTGGATATCTTCTATTATTCTCTGTTCTAGAACTCCACACTTCTAACATTTCTCATTCCTGTCTAAGCTCTTGTGTGTTTGGTTTTTGGCCATCGCTTTCACTGCTCTTTAAGCTCCCCCAGTAGAGTGGAGAGGTCTGTTTTCCCTCGTTTGGATTCCTACAGGCAGCGCAGGCCTGGCACAAGGTCATCACTAAGGAAGTGTTCACAGGGTGAAGGCGGTGGGTGCTGTTGAAGGAACCGGTAAAGCCTGTGGGATGAGAGAAGGAGCAGAGAGTGTTTTTGGGGTGGAGGCTCCCAGGAGGAGGCGGGACGGGCTGCGGTGCTGGGCGGATCCTCCTCCAGCTCCTGCTTGGAGGTCTCCAGAACAGGCTGGAGGCAGGGAGGGGGTCCCAAAAGCCTGGGGATGAGAAGGGGTTTTCCCGCATGGTCCCCCAGGCCCCCGTTCGCCTCAGGAAGACGGAGGATGAGCTCCTGGGCTGCTGGTGGTGGGCGTTGCGGGTGGGGCCGGTTAAGGTTCCCAGTGCCCGCACCCTGCCCAGGGAGCCCCGGATGGTGGCGTCGCTGTCAGTGTCTTCTCAGGAGGCTGCCCGTGTGACCGGATCCTTCGTGTCCCCACAGCACGTTTCTTGTGGCAGCTTAAGTTTGAATGTCATTTCTTCAATGGGACGGAGCGGGTGCGGTTGCTGGAAAGATGCATCTATAACCAAGAGGAGTCCGTGCGCTTCGACAGCGACGTGGGGGAGTACCGGGCGGTGACGGAGCTGGGGCGGCCTGATGCCGAGTACTGGAACAGCCAGAAGGACCTCCTGGAGCAGAGGCGGGCCGCGGTGGACACCTACTGCAGACACAACTACGGGGTTGGTGAGAGCTTCACAGTGCAGCGGCGAGGTGAGCGCGGCGCGGGGCGGGGCCTGAGTCCCTGTAAGCGGAGAATCTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAGAAAGAGAGAGAGCGCGCCATCTGTGAGCATTTAGAATCCTCTCAATCCCCAGCAAGCAGTTCTGAGAGCACAGGTGTGTGTGTAGAGTGTGGATTTGTCTGGGTATGTCTGTTGTGGGAGGGGAGGCAGGAGGGGGCTGATTCTTATCCTTGGAGACCTCTGTGGGGAGGTGACAAGGGAGGTGGGTGCTGGGGGCTGGAGAGAGAGGAGACCTTGATTGTCTCGGGTCCTTAGAGATGCGGGGAAGGGAAATGTAAGGGGTGTGTGATTGGGGTGAAGGTTTAGGGGAGGACTGCTGAGGGGTAAGGAAGGTTTGGGATAATGTGAGGAGGCCGGTTCCAGACTCTCCCTGGCATACACCCTTCGTGTAATCTCTGAAATAAAAGTGTGTGCTGTTTGTTTGTAAAAGCATTAGATTAATTTCTAGAGGAACTGAGTAGACCTCTGAGGCACTCCTGAAGCTTCTTTATATCTAAATTTCTTGCTAGTTTTTTGGGTTTTTTTAGTGTGTATATTTTTACATAGTAGAAATGACTGTGAAACTAACTTTTTGAATTAAAGTTTTAACACAGTTACTATTTTATTATAATGCTAGTTTTCTAGTAGTTACATATTATTCTTTTATATATAATAGTTATGACACAACTCACCTCACTTTCCCCTTTGTTGACCTTTATTATGACATTCACCAAAAGTTGAAAATGTATGTTTCTGGTTAATTTTTAATTTATATTTTTTATTTGTAATTGCTTTGAATTATTTTGACCTATTTATTGGCGGATTATAATTATTGCTCTAAGAATTCCCTATTGTATTTGGTAGGCAATGGACAATGATCTATGGTCTGATATCTTGAGGGCTTAGTATTTTTCTCAGTGACTTTGTGGGTTCTTTGTGCTATAAGATTATTAACACTTTATTGATATTTGATCCAGCATTTGCTTCAGTTTGTGGTTTGTATGTGGATTTTGAAAGTTCTTTTCCATGTTAAGAATTTGAACTTTTTATTTAATAAAATATATTGCAAAATTTTTATTAATGATTTACAATCCATCTTAAATCTGCCATTTTGTGGCATTGTTGTCTCCAGGTTCCTCCTTACTTCTAAAAAAAATAGTTGTATTTATTGAGAGTATGCTAGTGTTGGGGATTTTCCTGGGCATAAGCACCCCAAGTAACAAGTCCCAGACACTGCCTTAATCCAAATGTGACTCTGGAAAGAAAAATCATTTTACAATGATAGGCCTAATAATAATTATGCTTGTGTTACACGGGAGATGCATTGATCAGCTAAATGTAAATATAAGAACTTTCAAAACTAAAATGACATTCCCTAATCCTTTTCTCTGCTTCGGGACTCATGCTTTTCTAGGAACGTAAAAATTTGGAGAATCATTTCTGTCTGTCCCACATTCCCAGGGGCAGAACAATTTCTGTTTTGTTCTAAGGTGTGAGTGCATGGCAGTAGTATTCCTAAAATTCATACTCGGTTTCCTCATGTACCCAATTCTGTCCCTTTATCTATGCATATTTCTTTAAATCATATTTTTCTGTCATGGGGTACAAGGATGATAAATAGGTGCCAAGTGGAGCACCCAAGTGTGATGAGCGCCCTCACAGTGGAATGGAGTGAGAAGCTTTCTGACCTTATAAACTGAAGGCTATCTTCAGTCATTGTTTTATATATTTTACATGCATTAATCCTCATATAACCCCAAGAGGTAAATTAGTATAATTATCCTTCATTGTAGGTGACAAAGTTGAGACACAGAAGAATCAAAAAACTCTTCCAGGATCAACCAGTAAAAGGCAGACCTTGGATTCGAACCAAGCAACCTGGCTCAAATATCAGTTTTAATTACTACACTCTATACTTTCCAAGATTTGTAAACAGTTTGACAATGCATGCCAATTTAAAGCTATGAAGAAACAAACACAATTTTTCACAACACCTCTCAAATCTAATGGGTCCTCACTGTCAAGATTAAATTCCAGGCTGATGACACTGTAAGGTCACATGGCCAGCTGTGCTATAGGCCTGGTCAAGGTCAGAGCCTGGGTTTGCAGAGAAGCAGACACACAGCCAAACCAGGAGACTTACTCTGTCTTCCTGACTCATTCTCTCTACATTTGTTTTCTCCTAGTTGAGCCTAAGGTGACTGTGTATCCTTCAAAGACCCAGCCCCTGCAGCACCACAACCTCCTGGTCTGCTCTGTGAGTGGTTTCTATCCAGGCAGCATTGAAGTCAGGTGGTTCCGGAACGGCCAGGAAGAGAAGGCTGGGGTGGTGTCCACAGGCCTGATCCAGAATGGAGATTGGACCTTCCAGACCCTGGTGATGCTGGAAACAGTTCCTCGGAGTGGAGAGGTTTACACCTGCCAAGTGGAGCACCCAAGTGTGACGAGCCCTCTCACAGTGGAATGGAGTGAGCAGCTTTCTGACTTCATAAATTTCTCACCCACCAAGAAGGGGACTGTGCTAATCCCTGAGTGTCAGGTTTCTCCTCTCCCACACCCTATTTTCATTTGCTCCATGTTCTCATCTCCATCAGCACAGGTCACTGGGGGTAGCCCTGTAGGTGTTTCTAGAAACACCTGTACCTCCTGGAGAAGCAGTCTCACCTGCCAGGCAGGAGAGACTGTCCCTCTTTTGAACCTCCCCATGATTTCGCAGGTCAGGGTCACCCACTCTCCCCAGGCTCCAGGCCCTGCTTCTGGGTCTGAGACTGAGTTTCTGGTGCTGTTGCTCTGAGTTATTTTTTGTGATCTGGGAAGAGGAGAAGTGTAGGGGCCTACCTGACATGAGGGGAATCCAATCTCAGCCCTGCCTTTTATTAGCTCTGTCACTCTAGACAAACTACTTAGCTTCATTGAGTCTCAGGCTTTCTGTTGATCAGATGTTGAACGCTTGCCTTACATCAAGGCTGTAATATTTGAATGAGTTTGATGTCTGAACATCGTAACTGTTCAGCGTGATTTGAAATCCTTTTTTTCTCCTGAAATGGCTAGTTATTTTAATTCTTGTGGGGCAGGCTTCTGCCCCATTTTCAAAGCTCTGAATCTTAGAGTCTCAATTAAAGAGGTTCAATTTGGAATAAGCATCACTAAACCTGGATTCCTCTCTCAGGAGCACGGTCTGAATCTGCACAGAGCAAGATGCTGAGTGGAGTCGGGGGCTTCGTGCTGGGCCTGCTCTTCCTTGGGGCCGGGCTGTTCATCTACTTCAGGAATCAGAAAGGTGAGGAGCCTTTGGGAGCTGACTCTCTCCATAGGCTTTTCTGGAGGAGGAACCATGGTTTTGCTGAGAGGTTAGTTCTCAGTATACGAGTGGCCCTGAATAAAGCCTTTCTTTCCCCAAACGGCTCTAATGTCCTGCTAATCCAGAAATCATCAGTGCATGGTTACTATGTCAAAGCATAATAGCTTGTGGCCTGCAGAGACAAGAGGAAGGTTAACAAGTAGGGGTCCTTTTGTTTGAGATCCTGGAGCAAATTAAGGAAGAGCCACTAAGGCTAATGGAATTACACTGGATCCTGTGACAGACACTTCAGGCTTCATGGGTCACATGGTCTGTCTCTGCTCCTTTCTGCCCCTTTCTGCCCTGGTTGGTGCGGGTTGTGGTGTTAGAGAAATCTCAGGTGGGAGATCTGCGGCTGGGACATTGTGTTGGAGGACAGATTTGCTTCAATAACTTTTAAGTGTATTTCTTTTCCTCTTTTTCCCAGGACACTCTGGACTTCAGCCAACAGGTAATACCTTTTAATCCTCTTTTAGAAACAGACACAGTTTCCCTAGTGAGAGGTGAAGCCAGCTGGACTTCTGGGTGGGGTGGGGACTTGGAGAACTTTTCTTACAAGAGGTTTCTAAATGCCCCAATCAGTGCTTTGTAAAAACACACCAATAGGTTCTCTGTGGCTAGCTGGATGTTTGTAAAATGGACCAATTTGCACTCTGTAAAATGGACCAATCAGCATTCTTTAAAATGGACCAATCAGCACTTTTAAAATGGGCCAATCAGCACTCTTTAAAATGGACCAATCAGCACTCTTTAAAATGGACCAATCTGCAGGACATGGGCAGGGACAAATACAGGAATAAAAGCTGGCCACCCCAACCAGCAGTGGCAACCCACTCAGGTCCTCTTCCCTGCTGTGGAAGTTTTGTTCTTTTGATCTTCACAATAAATCTTGCTGCTGCCTACTCTTTGGGTCCCTGCCGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCACTGTGAAGGTCTGCTTGAAGTCAGCGAGACCACAAACCCACTGGAAGGAACAAACTGCGGACACACTAGAATGATGGTAGAGGTGATAAGGCATGAGACAGAAATAATAGGAAAGACTTTGGATCCAAATTTCTGATCAGGCAATTTACACCAAAATTCCTCCTCTCCACTTAGAAAAGGGCTGTGCTCTGCGGGACTATTGGCTCAGGGGAGACTCAGGAACTTGTTTTTCTGCTTCCTGCAGTGCTCTCATCTGAGCCCTTGAAAGAGGAGAAAAGAAACTGTTAGTAGAGCCAGGTTGAAAACAACACTCTCCTCTGTCTTTTGCAGGATTCCTGAGCTGAAATGCAGATGACCACATTCAAGGAAGAACCTTCTGTCCCAGCTTTGCAGGA"
aligner = Align.PairwiseAligner()
aligner.match_score = 2
aligner.mismatch_score = -3
aligner.open_gap_score = -5
aligner.extend_gap_score = -2
aligner.query_right_open_gap_score = 0
aligner.query_left_open_gap_score = 0
aligner.query_right_extend_gap_score = 0
aligner.query_left_extend_gap_score = 0
alignments = aligner.align(ref_seq, query_seq) # <= this is where the MemoryError occurs
for a in sorted(alignments):
print(a)
这是Windows10上的Python3。Biopython的版本是1.72
编辑:这是回溯:
Traceback (most recent call last):
File "C:/foo/temp.py", line 15, in <module>
alignments = aligner.align(ref_seq, query_seq) # <= this is where the MemoryError occurs
File "C:\Program Files (x86)\Python36\lib\site-packages\Bio\Align\__init__.py", line 1352, in align
score, paths = _aligners.PairwiseAligner.align(self, seqA, seqB)
MemoryError: Out of memory
在您的例子中,
aligner.align()
调用导致了MemoryError
,这可能是由于早期Biopython版本中的内存泄漏(因为核心代码是用C编写的,而不是用python编写的)。这已在以后的Biopython版本中修复,因此解决方案是将Biopython升级到最新版本(现在是1.77)在其他情况下,
sorted(alignments)
可能是原因。您可以在内存中创建一个包含所有路线的列表,该列表可能非常庞大。您可以通过调用print(len(alignments))
提前检查此潜在列表的大小由于
alignments
是一个惰性的迭代器,您只需在1×1for a in alignments:
的对齐上迭代,解决了内存问题,但我仍然不建议将它们全部打印出来。也许您只需要第一个对齐first_alignment = next(alignments)
或第一个say10
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