FileNotFoundError:[Errno 2]没有这样的文件或目录:“test\u data/gc\u content.txt”

2024-09-30 22:14:15 发布

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我正在学习生物信息学教程,并将所有内容保存在一个生物信息学文件夹中。在里面,我的python文件在一个文件夹中,txt文件在另一个文件夹中。我在运行时收到标题中的错误。我已经尝试将父文件夹添加到readFile。它短暂地工作,然后停止

视频中的讲师使用相对路径没有问题

生物信息学

  • 罗莎琳德的问题
    • 据点
      • DNAToolkit.py
      • GC_content.py
      • 结构.py
      • test.py
    • 测试数据
      • gc_content.tx
def readFile(filePath):
    '''Reading a file and returning a list of lines'''
    with open(filePath, 'r') as f:
        return [l.strip() for l in f.readlines()]

def GCcontent(seq):
    #tmpFreqDict = {"A": 0, "C": 0, "G": 0, "T": 0}
    #for nuc in seq:
    #    tmpFreqDict[nuc] += 1
    #return tmpFreqDict["G"], tmpFreqDict["C"]
    return round((seq.count('C') + seq.count('G') / len(seq) * 100))

FASTAFile = readFile('test_data/gc_content.txt')
FASTADict = {}
FASTALabel = ""

print(FASTAFile)

# Converting FASTA file into a dictionary
for line in FASTAFile:
    if '>' in line:
        FASTALabel = line
        FASTADict[FASTALabel] = ""
    else:
        FASTADict[FASTALabel] += line

Tags: inpy文件夹forreturnline生物content