将数字转换为DNA序列的模式：尝试用python解决这个生物信息学问题

Question

将整数0、1、2和3转换为相应的符号A、C、G和T

def NumberToSymbol(index):
    SeqDict = {0:'A', 1:'C', 2:'G', 3:'T'}
    str_index = str(index)
    result = ""
    for i in str_index:
        result = result + SeqDict[int(i)]
    return result

将整数n除以整数m作为商（n，m）时的商

例如，商（11，4）=2

def Quotient(index,4):
    index = int(index/4)
    return index

将整数n除以整数m时的余数作为余数（n，m）

例如，余数（11，4）=3

def Remainder(index, 4)
    index = index%4
    return index

当计算Pattern=NumberToPattern（9904，7）时，我们将9904除以4得到2476的商和0的余数。这个余数表示模式的最后一个核苷酸，或NumberToSymbol（0）=A。然后我们迭代这个过程，将每个后续的商除以4，直到我们得到商0。核苷酸列中的符号，从底部向上读取，产量模式=GCGGTAA

def NumberToPatten(index, k):
    if K==1:
        return NumberToSymbol(index)
    else:
        prefixIndex = Quotient(index, 4)
        r = Remainder(index, 4)
        symbol = NumberToSymbol(r)
        PrefixPattern = NumberToPatten(prefixIndex, k -1)
        return str(PrefixPattern) + symbol

l这4个功能一起工作： 输入：整数索引和k。 输出：字符串NumberToPattern（索引，k）。 例如： 输入：45,4 输出：AGTC

Answer 1

让我先帮你理解这个问题，然后告诉你一些解决这个问题的方法

在python（或任何其他编程语言）中，函数可以

def fun_name（arg1、arg2）：正常参数

或

def fun_name（arg，arg2=4）：#默认值参数，如果用户未为arg2提供值，则将分配默认值，即4

def Quotient(index,4):

在代码中，您定义了一个名为“商”的函数，其中包含参数索引和其他定义为“4”的参数，为文本，变量名不能为文本

解决方案/修复

解决方案1#首选#默认值参数，因此如果用户传递该值，它将接受该值，否则它将被指定为默认值4

def Quotient(index,divisor = 4):
    index = int(index/divisor)
    return index

解决方案2:#而不是使用文字变量

def Quotient(index,divisor): 
    index = int(index/divisor)
    return index

解决方案3.#仅从调用方位置传递1个变量

def Quotient(index): 
    index = int(index/4)
    return index

为评论中讨论的其他问题编辑

**使用NumberToSymbol函数将0112转换为ACCG**

def NumberToSymbol(index): #Consider value of index is "0112" string and return will be ACCG
    SeqDict = {0:'A', 1:'C', 2:'G', 3:'T'}
    str_index = str(index)
    result = ""
    for i in str_index:
        result = result + SeqDict[int(i)]
    return result

注意：如果您正面临调用此函数的问题，请尝试将值传递为字符串，默认Python将0112视为八进制数，因此尝试将其发送为“0112”