NetworkX中的二部图

Question

B.add_nodes_from(a, bipartite=1)
B.add_nodes_from(b, bipartite=0)
nx.draw(B, with_labels = True)  
plt.savefig("graph.png")

我得到了下图。如何使它看起来像一个合适的二分图

Answer 1

另一个示例，将图与二部图相结合：

G = nx.read_edgelist('file.txt', delimiter="\t")
aux = G.edges(data=True)
B = nx.Graph()
B.add_nodes_from(list(employees), bipartite=0)
B.add_nodes_from(list(movies), bipartite=1)
B.add_edges_from(aux)

%matplotlib notebook
import [matplotlib][1].pyplot as plt
plt.figure()

edges = B.edges()
print(edges)
X, Y = bipartite.sets(B)
pos = dict()
pos.update( (n, (1, i)) for i, n in enumerate(X) ) # put nodes from X at x=1
pos.update( (n, (2, i)) for i, n in enumerate(Y) ) # put nodes from Y at x=2
nx.draw_networkx(B, pos=pos, edges=edges)
plt.show()

Answer 2

您可以这样做，在特定的x坐标处从每个分区绘制节点：

X, Y = bipartite.sets(B)
pos = dict()
pos.update( (n, (1, i)) for i, n in enumerate(X) ) # put nodes from X at x=1
pos.update( (n, (2, i)) for i, n in enumerate(Y) ) # put nodes from Y at x=2
nx.draw(B, pos=pos)
plt.show()

关键是为nx.draw{}参数创建dict，即：

A dictionary with nodes as keys and positions as values.

见the docs

Answer 3

NetworkX已经有了一个功能来实现这一点

它被称为networkx.drawing.layout.bipartite_layout

您可以使用它生成字典，该字典通过pos参数提供给绘图函数，如nx.draw，如下所示：

nx.draw_networkx(
    B,
    pos = nx.drawing.layout.bipartite_layout(B, B_first_partition_nodes), 
    width = edge_widths*5) # Or whatever other display options you like

其中B是完整的二部图（表示为常规的networkx图），而B_first_partition_nodes是希望放置在第一个分区中的节点

这将生成一个数字位置字典，并将其传递给绘图函数的pos参数。也可以指定布局选项，请参见main page

强制性示例输出：