如何调用iPython笔记本中用argparse编写的模块

Question

我试图在iPython的笔记本环境中将BioPython序列传递给Ilya Stepanov's implementation of Ukkonen's suffix tree algorithm。我在argparse组件上遇到了问题

我以前从未直接与argparse打过交道。如何在不重写main（）的情况下使用它

通过，通过，this writeup of Ukkonen's algorithm is fantastic

Answer 1

我有a similar problem before,，但是用optparse代替了argparse

您不需要更改原始脚本中的任何内容，只需为sys.argv分配一个新列表，如下所示：

if __name__ == "__main__":
    from Bio import SeqIO
    path = '/path/to/sequences.txt'
    sequences = [str(record.seq) for record in  SeqIO.parse(path, 'fasta')]
    sys.argv = ['-f'] + sequences
    main()