显示所有变体

Question

我有一个2GB的vcf DNA文件，我正试图使用vcf_to_zarr（）打印所有带有固定字段的变量，但我得到了错误键error:'variants/*'

allel.vcf_to_zarr

import allel import numcodecs import zarr def readVcf(): allel.vcf_to_zarr('actual.vcf', 'example.zarr', fields='*', overwrite=True) callset = zarr.open_group('example.zarr', mode='r') allfield=callset['variants/*'] for a in allfield: print(a)

Answer 1

要迭代所有变量字段，请执行以下操作：

for a in callset['variants']:
    print(a)

Zarr不了解层次结构路径中的通配符（“*”）