比较两个文件中的值并打印出匹配值

2024-06-28 11:38:20 发布

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我有两个文件,一个文本文件和一个vcf文件。我想在vcf文件中查找文本文件的值。如果有匹配项,我想打印出匹配值,但出现错误:ix=allel.SortedIndex(allel['POS'])。查找交叉点(callset[“variants/POS”]) TypeError:“module”对象不可订阅

文件的内容如下所示

#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO
 1 10366 rs58108140 G A 100 PASS AN=2184;AC=314
 1 10611 rs189107123 C G 100 PASS AC=41;AN=2184
 1 13302 rs180734498 C T 100 PASS AN=2184;AC=249
 1 13327 rs144762171 G C 100 PASS AC=59;AN=2184
def readVcf():
    allel.vcf_to_zarr("merged_Small.vcf", "example.zarr", fields="*", overwrite=True)
    callset = zarr.open_group('example.zarr', mode="r")
    file2=allel.vcf_to_recarray("FamilyVarient.txt")

    ix = file2.SortedIndex(file2['POS']).locate_intersection(callset["variants/POS"])
    print(ix)

Tags: 文件toposanpassacfile2vcf