在Python中调用R包时出现问题

Question

对于context：我的目标是创建一个图形界面，这样用户就可以运行我在R中开发的程序。该接口是使用python的Tkinter模块（版本3.3）完成的。现在我正在努力使它在Windows下工作

我相信我已经成功地使用python调用了R解释器来运行我的R文件（run.R）。在这个文件中，我将R包称为'sekinr'。然而，当我从python调用R解释器时，我得到：

我运行这个：

os.system('C:/"Program Files"/R/R-3.6.1/bin/Rscript run.R')

我得到这个：

Error in library(seqinr) : there is no package called 'seqinr'
Calls: source -> withVisible -> eval -> eval -> library
Execution halted

但是，当我在命令提示符下运行'C:/“Program Files”/R/R-3.6.1/bin/Rscript run.R'命令时，它运行得非常好，没有问题。 我还检查了我的软件包的安装位置，以及它在默认目录中，R使用它来安装所有的软件包。我也没有任何其他的R版本安装在我的机器上

我不知道现在发生了什么，所以我很感激任何帮助

谢谢你

Answer 1

虽然可能不令人满意，但我建议更改“run.R”文件以包含以下行：

if (!("seqinr" %in% installed.packages())) {
    install.packages('seqinr', repos = "https://cloud.r-project.org")
}
library(seqinr)

如果从Python调用R时，在任何地方都找不到包，那么将安装该包。此外，您可以在“run.R”文件中包含print(rownames(installed.packages()))，以查看在运行时从Python调用时，R安装当前可用的包。包含行print(.libPaths())也将告诉您R在运行时查找已安装包的位置