目前,我正在使用biopython循环访问一个包含登录号的列表,以检索有关蛋白质的一些信息。我想检查一下等电点,氨基酸组成,理论π,氨基酸数和分子量。有些房产我能找到,但有些我不知道怎么弄到。希望有人能帮我
请在下面找到我的代码摘要:
from bio import ExPASy, SwissProt
accession='P04264'
handle = ExPASy.get_sprot_raw(accession)
record = SwissProt.read(handle)
Sequence_length=record.sequence_length
Weight= record.seqinfo[1]
如你所见,我知道如何得到序列长度和重量,但我没有设法得到其他属性(等电点,氨基酸组成,理论π)。有人知道如何利用生物技术获得这些价值吗
提前谢谢
等电点信息似乎是缺乏的蛋白质,你提供了作为demo。也许其他的记录包含了这些信息,但是你必须搜索它。Bio.SwissProt.Record解码的说明可以在here中找到。可以使用
record.seqinfo
获得序列长度和权重。蛋白质序列可以用record.sequence
找到。你应该能用蛋白质序列计算出一个理论等电点。有online tools可以帮你计算相关问题 更多 >
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