从iPython noteb中的NetworkX调用GraphViz布局时出现错误“GraphViz的可执行文件未找到”

Question

我在代码中尝试使用GraphViz_layout方法时收到错误“InvocationException:GraphViz's executables not found，error GraphViz's executables not found”。当graphviz_layout替换为spring_layout时，代码可以正常工作。从回溯异常信息来看，它似乎调用了pydot_layout。我已经通过Canopy的包管理器安装了pydot模块，但是导入它没有帮助。我还安装了pip的graphviz和进口它没有运气。在

这是我的代码：

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

keywordTreeFile = open('decode_wordnet/keywordTreeFile.TXT','r') #keyword generation file
keywordTreeFileLineData = keywordTreeFile.readlines()

G = nx.Graph()
pairData = []

for i in range(0,len(keywordTreeFileLineData)):
    pairData = pairData + [keywordTreeFileLineData[i].split('\t')]
    pairData[i][1] = pairData[i][1].rstrip('\n')
    G.add_edge(pairData[i][0],pairData[i][1])

pos = nx.graphviz_layout(G)

nx.draw(G,
        pos=pos,
        width = 1.0,
        with_labels = True,
        font_size = 3,
        linewidths=.1
        )
plt.savefig("graph.pdf")

以下是返回异常信息：

^{pr2}$

系统信息：我使用的是64位Mac操作系统10.9.5的最新版本和模块。另外，我用的是iPython笔记本。在

Answer 1

为ubuntu用户：-在

sudo apt-get install -y graphviz libgraphviz-dev

这将安装python显示绘图所需的graphviz可执行文件