从iPython noteb中的NetworkX调用GraphViz布局时出现错误“GraphViz的可执行文件未找到”

Question

我在代码中尝试使用GraphViz_layout方法时收到错误“InvocationException:GraphViz's executables not found，error GraphViz's executables not found”。当graphviz_layout替换为spring_layout时，代码可以正常工作。从回溯异常信息来看，它似乎调用了pydot_layout。我已经通过Canopy的包管理器安装了pydot模块，但是导入它没有帮助。我还安装了pip的graphviz和进口它没有运气。在

这是我的代码：

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

keywordTreeFile = open('decode_wordnet/keywordTreeFile.TXT','r') #keyword generation file
keywordTreeFileLineData = keywordTreeFile.readlines()

G = nx.Graph()
pairData = []

for i in range(0,len(keywordTreeFileLineData)):
    pairData = pairData + [keywordTreeFileLineData[i].split('\t')]
    pairData[i][1] = pairData[i][1].rstrip('\n')
    G.add_edge(pairData[i][0],pairData[i][1])

pos = nx.graphviz_layout(G)

nx.draw(G,
        pos=pos,
        width = 1.0,
        with_labels = True,
        font_size = 3,
        linewidths=.1
        )
plt.savefig("graph.pdf")

以下是返回异常信息：

^{pr2}$

系统信息：我使用的是64位Mac操作系统10.9.5的最新版本和模块。另外，我用的是iPython笔记本。在

Answer 1

为ubuntu用户：-在

sudo apt-get install -y graphviz libgraphviz-dev

这将安装python显示绘图所需的graphviz可执行文件

Answer 2

通常，您应该从全新安装Macports开始

1. 删除旧的Macports

   sudo端口-f已安装卸载
   sudo port clean work archive全部
   

2. 导入、安装和编译最近的Macports源文件

   cd~
   卷曲-Ohttps://distfiles.macports.org/MacPorts/MacPorts-2.3.3.tar.bz2
   tar xf MacPorts-2.3.3。焦油bz2
   cd MacPorts-2.3.3/
   /配置
   制造
   sudo make安装
   端口版本
   

3. （可选）更新Macports

   sudo端口自我更新
   sudo端口升级过时
   

4. 使用新的Macports安装Graphviz

   安装 sudo pip安装升级graphviz
   

Answer 3

我通过使用macports在Mac上安装GraphViz来解决这个问题：

sudo port install graphviz

在这种情况下，安装python包是不够的。尽管如此，这是一种应该被热情对待的依赖。在