按“外部”选项卡合并子目录中的文件

Question

我有一个文件夹（split \u libs），其中的子文件夹根据SraRunTable3.txt第9列和第32列中描述的示例\u名称命名，每个都与sra \u研究相关。每个子文件夹中都有一个序号fna文件，不幸的是我无法更改其名称-它是一个QIIME命令的输出。你知道吗

我想合并序号fna根据sra\U研究，读取子文件夹名称（=示例\U名称），子文件夹中的文件。e、 g.所有序号fna来自同一个SRA的研究将被合并。你知道吗

目录概述示例：

split_libs
    sample1
      seqs.fna
    sample2
      seqs.fna
    sample3
      seqs.fna

SraRunTable的示例概述：

(...)Sample_Name(...)SRA_Study(...)
     sample_1        study_1
     sample_2        study_1 
     sample_3        study_2

以下是我迄今为止尝试过的：

import os
from operator import itemgetter

fields = itemgetter(9, 32)

with open('/home/andre/Desktop/PRJEB0000/SraRunTable3.txt') as csvfile:
next(csvfile)
for line in csvfile:
    sample_name, sra_study = fields(line.split())
for folder in os.listdir('./split_libs'):
    if folder == sample_name:
        open('seqs.fna') as infile, open('/home/andre/Desktop/PRJEB0000/cat_fna/' + sra_study + ".fna", 'a') as outfile:
            outfile.write(infile.read())

这个问题源于Joining files by corresponding columns in outside table

任何贡献将不胜感激！你知道吗

Answer 1

import os
from operator import itemgetter

fields = itemgetter(9, 32)

with open('/home/andre/Desktop/PRJEB0000/SraRunTable3.txt') as csvfile:
next(csvfile)
for line in csvfile:
    sample_name, sra_study = fields(line.split())
    #open the folder corresponding to sample_name and add the seqs to the appropriate study file
    with open('split_libs/'+sample_name+'/seqs.fna') as infile, open('/home/andre/Desktop/PRJEB0000/cat_fna/' + sra_study + ".fna", 'a') as outfile:
            outfile.write(infile.read())

阿曼达·克莱尔的所有信用卡（未在Stackoverflow注册）！你知道吗