从FASTA-fi中提取基因定位

Question

我正试图用BioPython从fasta文件中提取基因位置，但是函数location不起作用。我想避免使用regex，因为这个函数必须处理不同的文件，而且所有文件的头都略有不同。你知道吗

标题如下所示： >；X型dna：染色体：GRCh38:X:111410060:111411807:-1

我希望输出为： 开始=111410060 结束=111411807

Answer 1

如果不同fasta文件的头文件总是以'结尾。。。chr:开始:末端：钢绞线，不同的部分用“分隔：”您可以尝试按.split(":")分割.description并选择结果列表的倒数第二位和倒数第二位。你知道吗

下面是您的示例标题：

from Bio import SeqIO
path = 'fasta_test.fasta'
records = SeqIO.parse(open(path), 'fasta')
record = next(records)
parts = record.description.split(":")
print('start =', parts[-3], 'end =', parts[-2])