多记录SQLite表的高效更新

Question

我正在尝试使用sqlite（sqlite3）来存储一个项目的数十万条记录（希望使用sqlite，这样程序的用户就不必运行[我的]sql服务器）。

有时我必须更新数十万条记录才能输入左右值（它们是层次结构的），但是我已经找到了标准

update table set left_value = 4, right_value = 5 where id = 12340;

非常慢。我试过每一千个左右

begin;
....
update...
update table set left_value = 4, right_value = 5 where id = 12340;
update...
....
commit;

但还是很慢。很奇怪，因为当我用几十万（插入）填充它时，它会在几秒钟内完成。

我现在尝试在Python中测试速度（慢是在命令行和Python），然后再把它移到C++实现，但是现在这是慢的方法，除非我做错了什么，否则我需要找到新的解决方案。思想？（将采用开源替代SQLite，它也是可移植的）