支持向量机的pdb解析

Question

我正在使用python开发SVM（支持向量机）。你知道吗

我的输入是pdb文件。我已经看到了许多使用数据集的例子。但是，在我的例子中，我想解析proteen（.pdb文件）的3d结构。你知道吗

如何从pdb获取svm？你知道吗

Answer 1

SVMa设计用于数字。蛋白质的三维结构远非如此。几乎没有可能的选择：

• 创建某种固定长度的数值表示，这在化学信息学中称为fingerpint，包括几十种现有方法，如KlekotaFP、PubChemFP、subFP等
• 使用为这种结构（如标记图）开发的custrom内核，其中一个内核是用于化学信息的图内核，即chemcpp中包含的那些内核