如何仅在特定条件（上下文）下使用另一个字段的值更新列中字段的值？

Question

我有一个文件，当一个特定列的第一个字段（比如1和2）的第五个字段中有一个上下文（管道即|）时，我想在其中更新该列第一个字段中的值。你知道吗

我可以使用python，但是拆分行、替换值并连接它们将是一个很长的脚本。我正在寻找一个解决方案使用awk（pefereable）其他人也很好，是短。我还想把它嵌入到python脚本中。你知道吗

下面是“我的数据”中的两列，其中的字段以（：）分隔。

0/1:42,19:61:99:0|1:5185_T_TTCTATC:560,0,1648       0/1:38,34:72:99:0|1:5185_T_TTCTATC:1145,0,1311

0/0:124,0,0:124:99:0,120,1800,120,1800,1800    0/0:165,0,0:165:99:0,120,1800,120,1800,1800

0/0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800    0/1:145,34:179:99:0|1:5398_A_G:973,0,6088

因此，当该列中的第5个字段有“|”时，我们用第5个字段值更新第一个字段。

预期结果：

0|1:42,19:61:99:0|1:5185_T_TTCTATC:560,0,1648       0|1:38,34:72:99:0|1:5185_T_TTCTATC:1145,0,1311

0/0:124,0,0:124:99:0,120,1800,120,1800,1800    0/0:165,0,0:165:99:0,120,1800,120,1800,1800

0/0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800    0|1:145,34:179:99:0|1:5398_A_G:973,0,6088

-实际上，有很多专栏。并且，假设这种列出现在第5个python索引位置之后，我想在第5个列之后的每个列字段中进行替换，如何处理这个问题。你知道吗

谢谢你

谢谢你

Answer 1

$ awk '{ for (i=1;i<=NF;i++) { split($i,f,/:/); if (f[5]~/\|/) sub(/^[^:]+/,f[5],$i) } }1' file
0|1:42,19:61:99:0|1:5185_T_TTCTATC:560,0,1648 0|1:38,34:72:99:0|1:5185_T_TTCTATC:1145,0,1311
0/0:124,0,0:124:99:0,120,1800,120,1800,1800    0/0:165,0,0:165:99:0,120,1800,120,1800,1800
0/0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800 0|1:145,34:179:99:0|1:5398_A_G:973,0,6088

唯一需要注意的是，第5个子字段不能包含&，因为这将是sub（）中的反向引用元字符。你知道吗

如果要在第5列开始替换，请在loop init部分将i=1更改为i=5。你知道吗

分成几行：

$ awk '{
    for (i=1;i<=NF;i++) {
        split($i,f,/:/)
        if (f[5]~/\|/)
            sub(/^[^:]+/,f[5],$i)
    }
}1' file