我有一个如下的文本文件:
你知道吗地理列表.txt你知道吗
Receptor Name:I151T.B99990002_mus.pdbqt
Ligand Name: LIGAND 1
Using random seed: 1896818552
mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -10.7 0.000 0.000
2 -10.4 1.859 3.037
3 -10.1 1.992 3.474
Receptor Name: I151T.B99990001_mus.pdbqt
Liang Name: LIGAND 1
Using random seed: 1896818552
mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -9.5 0.000 0.000
2 -9.4 2.083 3.784
3 -9.0 2.471 8.360
4 -9.0 1.493 3.523
我提取了带有模式“Receptor name:”的头文件,并通过regex将其与相应的值连接起来。然后我试着把它做成CSV文件。你知道吗
import os
import re
import csv
import sys
h=open("path/geoList.txt","r")
totallog=[]
for line in h:
if line.startswith('Receptor Name:'):
prefix=line
elif re.search(r'^\s+\d', line):
totallog.append(re.sub(r'\s+',';',((str(re.findall(r'\d+',((prefix.strip().split("/")[-1])[:-10]).split(".")[0]))+(prefix.strip().split("/")[-1])[:-10]+line).replace("']",";")).replace("['",'').strip()))
with open("Hi.CSV", 'wb') as csvfile:
logwriter = csv.writer(csvfile, delimiter=';', quoting=csv.QUOTE_MINIMAL)
logwriter.writerow(['MUTANTPOSITION','MUTANT','RANK','AFFINITY (kcal/mol)','DistFromRmsd l.b.','BestModeRmsd u.b.'])
k=sorted(totallog,key=lambda x:float(x.split(';')[-3]))
for i in k:
logwriter.writerow(i)
我的输出:
MUTANTPOSITION;MUTANT;RANK;AFFINITY (kcal/mol);DistFromRmsd l.b.;BestModeRmsd u.b.
1;5;1;";";I;1;5;1;T;.;B;9;9;9;9;0;0;0;2;";";1;";";-;1;0;.;7;";";0;.;0;0;0;";";0;.;0;0;0
1;5;1;";";I;1;5;1;T;.;B;9;9;9;9;0;0;0;2;";";2;";";-;1;0;.;4;";";1;.;8;5;9;";";3;.;0;3;7
1;5;1;";";I;1;5;1;T;.;B;9;9;9;9;0;0;0;2;";";3;";";-;1;0;.;1;";";1;.;9;9;2;";";3;.;4;7;4
1;5;1;";";I;1;5;1;T;.;B;9;9;9;9;0;0;0;1;";";1;";";-;9;.;5;";";0;.;0;0;0;";";0;.;0;0;0
1;5;1;";";I;1;5;1;T;.;B;9;9;9;9;0;0;0;1;";";2;";";-;9;.;4;";";2;.;0;8;3;";";3;.;7;8;4
1;5;1;";";I;1;5;1;T;.;B;9;9;9;9;0;0;0;1;";";3;";";-;9;.;0;";";2;.;4;7;1;";";8;.;3;6;0
1;5;1;";";I;1;5;1;T;.;B;9;9;9;9;0;0;0;1;";";4;";";-;9;.;0;";";1;.;4;9;3;";";3;.;5;2;3
但是,这里每个字符用“;”分隔。我真的不知道这是怎么回事。你知道吗
我希望输出如下:
MUTANTPOSITIONMUTANTRANKAFFINITY (kcal/mol)DistFromRmsd l.b.BestModeRmsd u.b.
151;I151T.B99990002;1;-10.7;0.000;0.000
151;I151T.B99990002;2;-10.4;1.859;3.037
151;I151T.B99990002;3;-10.1;1.992;3.474
151;I151T.B99990001;1;-9.5;0.000;0.000
151;I151T.B99990001;2;-9.4;2.083;3.784
151;I151T.B99990001;3;-9.0;2.471;8.360
151;I151T.B99990001;4;-9.0;1.493;3.523
如果有人知道怎么做,你能帮我解决这个问题吗。你知道吗
提前谢谢
代码中的最后一个for循环是遍历列表中每个字符串的每个字符,这将分隔字符。将该部件替换为以下部件,它应该可以工作:
输出为:
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