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python脚本抛出了一个我可以处理的错误
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<p>我创建了上面的脚本来从数据库中删除不需要的基因。如果您只使用一次,它确实工作得很好,但是我重新运行它,它会给我一个错误消息,例如: <strong>shutil.错误:目标路径'path/rejected\u database\u genes/gene\u A.fa'已存在</strong> 显然它停止了。我认为当文件中有两个或更多的基因需要删除时,问题就出现了。 谨致问候,谢谢你的帮助。你知道吗</p> <pre><code>import glob, sys, os, shutil from Bio import SeqIO, SearchIO from Bio.SeqRecord import SeqRecord import argparse def help_function(): print 'Hi' parser = argparse.ArgumentParser() parser.add_argument('-input_file', '-i',type=str,help='path_to_data') opts = parser.parse_args() def check_file_exists(filepath, file_description): if not os.path.exists(filepath): print("The " + file_description + " (" + filepath + ") does not exist") sys.exit(1) else: print file_description + " detected" def remove_empty_files(alleles_files,destination): input_handle=open(alleles_files, 'r') gene_records=list(SeqIO.parse(input_handle, 'fasta')) for gene_record in gene_records: #filename=gene_record.id[0] #count=0 if len(gene_record.seq)<5 or 'N'in gene_record.seq: print gene_record.id elif '-' in gene_record.seq: print gene_record.id #count+=1 shutil.move(alleles_files, destination) def main(): destination=opts.input_file + '/rejected_database_genes' if os.path.exists(destination): print 'Folder already exits' else: os.makedirs(destination) print 'Folder has been created' files=glob.glob(opts.input_file+'/*.fa') #print files #sys.exit() for f in files: #print f #sys.exit() alleles_files=glob.glob(f)[0] #print alleles_files #sys.exit() remove_empty_files(alleles_files,destination) print 'Files have been removed' main() </code></pre>
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匿名
1天前
擅长:python、mysql、java
<p>问题出在<code>shutil.move</code>行—如果指定源和目标的完整路径,则会覆盖现有文件,并且不会出现此错误;如果不想覆盖并且需要两个文件,则只需将目标文件重命名为其他文件即可。你知道吗</p>
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